8月中旬，国会议员到广东的已有130余人，但是仍不足法定人数。18日，孙中山在黄埔公园设宴欢迎。孙中山发表演说：“中国共和垂将近六年，国民未有享过共和幸福，原因何在？因为执政之人，以假共和之面孔，行真专制之手段。诸君到来，望各界同心协力，奋起护法，为国民争回真共和，以贯彻我们救国救民的宗旨。”
席间，议决贯彻护法主张，效法法国大革命前夕第三等级代表举行国民议会的先例，召开非常国会，成立护法军政府。
25日，非常国会开幕。29日，议决公布《国会非常会议组织大纲》。31日，通过《中华民国军政府组织大纲》13条。为了适应护法戡乱的战争需要，军政府没有采纳《临时约法》规定的内阁制，而采取中华革命党《革命方略》中提出的党、政、军权合一的大元帅制，实行军事、内政、外交合一的元首制。
9月1日，非常国会根据军政府大纲选举大元帅，孙中山在91票中以84票当选。次日，补选元帅2人，陆荣廷、唐继尧当选。当天，陆荣廷致电非常国会，表示反对另组政府，主张黎元洪总统复职。同时，他通电全国：以后广东发生任何问题，概不负责。
3日，非常国会补作一项决定：迎接黎元洪南来继续执行职权。
8日，陈炳焜招待广州报界，说：“冯代总统的地位是合法的，段内阁的地位是非法的，所以我们反段不反冯。至于在广州组织军政府问题，我不能表示赞成的态度，也不愿采取干涉的态度，但是广东人民不能担负军政府和非常国会的经费开支。”
10日，护法军政府宣告成立，孙中山就大元帅职，主张维护《临时约法》，并提出在粤恢复国会，再造共和。同日，非常国会选出财政总长、外交总长、内务总长、陆军总长、交通总长。孙中山以大元帅名义任命李烈钧为参谋总长、林葆怿为海军总司令、李福林为亲军总司令、章炳麟为秘书长、许崇智为参军长。护法运动正式开始。
段祺瑞要通缉孙中山和非常国会议长吴景濂，冯国璋不肯发表命令，由北京检察厅以“背叛民国”罪提起公诉，由司法机关行文全国，通缉孙中山。段祺瑞不满意，冯国璋被迫下了通缉令。
护法军政府也下令，通缉段祺瑞、梁启超、汤化龙、倪嗣冲4人。
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