一致性基因组提取软件-ANGSD安装与使用

作者: geneonto | 来源:发表于2023-08-15 15:24 被阅读0次

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ANGSD软件可以基于比对好的bam文件，提取得到与比对用的参考基因组一致性的基因组，有了一致性基因组，可以根据对应参考基因组的gff3文件提取对应的原件进行比较分析，基于二代数据与参考基因组进行组装的好工具。

（1）安装：先装htslib环境，然后装angsd

git clone --recursive https://github.com/samtools/htslib.git
git clone https://github.com/ANGSD/angsd.git 
cd htslib;make;cd ../angsd ;make HTSSRC=../htslib

（2）一致性基因组提取

angsd -i test.bam -out test.genome.fa -doFasta 2 -doCounts 1

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