一种基于质谱的蛋白质鉴定的通用方法

蛋白质鉴定是一个根据目的蛋白的氨基酸序列来确认该目的蛋白名称的过程。通常，仅需鉴定蛋白质的部分序列，即可参考根据基因的DNA序列推导出的蛋白质序列数据库来鉴定对蛋白质进行鉴定。更深层次的蛋白质表征包括鉴定蛋白质的N端和C端，鉴定序列变异以及存在的所有翻译后修饰。

一种基于质谱的蛋白质鉴定的通用法：

基于质谱的蛋白质鉴定（来源：百泰派克生物）

1. 通过SDS-PAGE或色谱法分离目的蛋白。

2. 分离后的目的蛋白进行化学修饰以稳定半胱氨酸残基（例如S-酰胺甲基化或S-羧甲基化）。

3. 用特异性蛋白酶将目的蛋白水解成肽段。胰蛋白酶是最常用的一种蛋白酶，它可在赖氨酸或精氨酸残基的C端进行选择性切割。

胰蛋白酶的优点：

1) 可以水解蛋白中的赖氨酸和精氨酸残基；

2) 酶的特异性水平高；

3)酶的稳定性高；

4) 胰蛋白酶肽适用于质谱分析。

4. 将肽脱盐以去除可电离污染物，然后通过MALDI-TOF进行质谱分析。直接测量肽的质量可以提供足够的信息来鉴定蛋白质（如肽质量指纹图谱），但我们通常会对质谱仪内部的肽做进一步分解，以获取肽的序列信息。此外，还可以通过反相HPLC对肽进行脱盐、分离，并通过ESI源将其引入质谱仪。与MALDI-MS相比，LC-ESI-MS可以提供更多的信息来进行蛋白质鉴定，但是上机时间也会变长。

5. 肽离子可能会在不同类型质谱仪的不同机制作用下发生分解，例如碰撞诱导解离（CID）或源后衰减（PSD）。在每种条件下，肽的片段离子图谱都能提供序列相关的信息。

6.如果根据分析参数其得分超过阈值，则能成功找到的匹配项。即使实际的蛋白质不在数据库中，容错匹配也能根据与同源蛋白质的相似性来推断出是哪种蛋白质，可使用各种软件包来协助分析。

7.软件包通常会生成相应的报告，报告中会显示鉴定出的每个蛋白质的身份（accession code）和其匹配分数和其他相关信息。

8. 所鉴定蛋白质序列的匹配肽图通常用于展示序列覆盖率。如果目的蛋白明显比匹配的蛋白质小，可能表明目的蛋白是所鉴定蛋白质的N/C端片段。