常见问题解答
- CRISPick 以前的 GPP sgRNA 设计工具有何区别？
- 如何在出版物中引用 CRISPick？
- 我想放宽你的选择限制之一。我该怎么做？
- 您的报告包含 50 多个列！哪个是最重要的？
- 如果我仍想针对工具拒绝的任意序列或目标设计 sgRNA，我的选择是什么？
- 我的基因没有找到，或者很难找到我的基因记录。我能做什么？
- 我听过"威胁矩阵"这个词用来描述结果中的一些列。什么是"威胁矩阵"？
- 描述偏离目标命中次数的列包含"MAX"值。这是什么意思？
- 如何选择基因输入的脚本？
问：CRISPick 以前的 GPP sgRNA 设计工具有何区别？
使用这两种工具获得的结果是相同的。CRISPick 和以前的 GPP sgRNA 设计师运行在完全相同的采摘算法上。使用 CRISPick 推出的更改的重点是用户体验的增强，包括实时目标查找。
问：我如何在出版物中引用 CRISPick？
使用该工具选择 Cas12a sgRNA 时，请使用以下参考：
金， H.， 敏， S.， 宋， M.， 荣格， S.， 崔， J. W.. 。金， H. （2018）.深度学习可改善 CRISPR-Cpf1 指导 RNA 活动的预测。纳特生物技术 36， 239-241.doi.org：10.1038/nbt.4061 •纳特生物技术公司 ]
桑森， K. R.， 德威尔特， P.C， 桑格里， A. K. ， 汉娜， R. E.， 赫格德， M.， 滕， T..多恩奇，J.G.（2020年）。优化AsCas12a用于人类细胞中的组合基因筛选。生物Rxiv预印。doi.org：10.1101/747170 •生物Rxiv预印 ]
当使用该工具进行任何非 Cas12a sgRNA 选择时，请使用：
多恩奇， J. G.， 富西， 北卡罗来纳州， 苏伦德， M.， 赫格德， M.， 维姆伯格， E. W.， 多诺万， K. F....根， D. E. （2016）.优化 sgRNA 设计，以最大限度地提高活动性，并最大限度地降低 CRISPR-Cas9 的偏离目标效果。自然生物技术，34（2），184-191。doi：10.1038/nbt.3437 •纳特生物技术公司 ]
桑森， K. R.， 汉娜， R. E.， 赫格德， M.， 多诺万， K. F.， 斯特兰德， C.， 苏伦德， M. E....多恩奇， J. G. （2018）.具有多种模式的 CRISPR-Cas9 基因屏幕优化库。自然通讯， 9 （1）， 5416.doi：10.1038/s41467-018-07901-8纳特公社 ]
问：我想放宽你的选择限制之一。我该怎么做？
将来，我们计划让用户在调整一些挑选标准时有更大的灵活性。同时，默认报告显示目标的所有可能指南，用户应能够使用各种注释列中包含的信息根据自己的一组标准对结果进行排序和筛选。
问：您的报告包含 50 多个列！哪个是最重要的？
"目标基因"、"目标成绩单"和"sgRNA 序列"列可能是该工具的所有应用所必需的。如果您使用此工具填写每个目标配额（当前默认值为 5），则"选择顺序"列将反映工具的最终决策，并包含所有其他排名、分数和位置列。高级用户可能想要忽略"选择顺序"，但直接使用"目标孔猫切割长度"、"目标有效性分数"和 16 个"目标外匹配"列。
问：如果我仍想针对工具拒绝的任意序列或目标设计 sgRNA，我的选择是什么？
如果您对要针对的特定 DNA 序列有信心，则可以使用该序列作为输入。或者，如果您想要为精确的基因组坐标设计指南，如果您遵循CRISPRko应用程序的严格格式，您可以直接将其输入 Web 表单。
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对于 CRISPRko （CDS 目标） 使用以下格式：
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NC_000001.11：-1000-2000：5000-6000
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对于 CRISPRA/i （TSS 目标）使用以下格式：
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NC_000001.11：+5000
问：我的基因没有找到，或者很难找到我的基因记录。我能做什么？
如果您能够确定您选择区域的确切基因组坐标，您仍然可以使用该工具。请参阅上文。
问：我听过"威胁矩阵"这个词用来描述结果中的一些列。什么是"威胁矩阵"？
此非正式术语在内部用于描述结果报告中的 12 到 16 列，该列总结了 CFD 分数和匹配层宾安排的偏离目标命中次数，从标题为"#非目标层 I 匹配宾 I 匹配"的列开始。请参阅CRISPick：它如何工作部分，了解有关威胁矩阵及其计算的更多详细信息。
问：描述偏离目标命中次数的列包含"MAX"值。这是什么意思？
如果发现特定 sgRNA 序列的偏离目标命中总数超过 10，000 次，我们将中止搜索，转而在所有偏离目标计数列中报告值"MAX"。注：这并不意味着任何给定列的计数超过 10，000，只是所有 16 列的总数超过 10，000 个未知数。
问：如何选择基因输入的脚本？
只要有可能，我们根据所使用的三种标签，为蛋白质编码基因选择一个具有代表性的脚本。恩森布尔 和基因编码 在默认基于 CDS 长度的脚本之前，按以下顺序排列：
- 阿普里斯 注释基于蛋白质结构信息、功能上重要的残留物和来自跨物种对齐的证据来确定成绩单的优先级。
- GENCODE"级别"值，表示给定地层有效而不是 psuedogen 的置信度。
- GENCODE"成绩单支持级别"，该级别表示基于 mRNA 和 EST 对齐的脚本模型的支持程度。
- 最后，在没有任何上面列出的APPRIS/GENCODE注释的情况下，我们依靠当前的NCBI脚本信息来获得给定基因，并选择预测CDS时间最长的脚本。
如果基因无法解决给定基因的用户首选成绩单，则用户可以选择提供特定的脚本输入。有关 GENCODE 注释和数据格式系统的更多详细信息，请参阅以下链接：
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