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2019-02-19 酶切位点的数据库-序列的酶切位点

2019-02-19 酶切位点的数据库-序列的酶切位点

作者: 小郑的学习笔记 | 来源:发表于2019-02-19 16:03 被阅读0次

    酶切位点,大家应该都很熟悉,有很多成熟的工具和网站记录了很多常用的酶切位点信息。

    这些酶切位点的信息可以用来帮助你设计你的基因。

    这里介绍几个常用的网站

    Rebase (database)

    维基百科显示说是一个已经运行了很久的网站

    In molecular biology, REBASE is a database of information about restriction enzymesand DNA methyltransferases.[1] REBASE contains and extensive set of references, sites of recognition and cleavage, sequences and structures. It also contains information on the commercial availability of each enzyme. REBASE is one of the longest running biological databases having its roots in a collection of restriction enzymes maintained by Richard J. Roberts since before 1980.[2] Since that time there have been regular descriptions of the resource in the journal Nucleic Acids Research.[3][4]

    我们点近去看到,界面很友好
    http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

    主界面

    你在search框里面输入名称,可以找到对应信息,比如

    搜名字

    出来一个结果

    结果界面

    点击进去看

    详细界面

    里面有详细的酶切位点信息,还有很多其他参数

    这个网站还有很多有用的信息和工具,比如

    Crystal Data

    具体还是要用的时候再仔细看

    第二个数据库:Neb

    https://international.neb.com/products/restriction-endonucleases

    里面也有酶切位点的信息,这里可以选择,比较方便

    酶切信息

    具体一个点进去

    酶切具体位点

    有几个概念记录一下:

    Palindromic

    A restriction enzyme recognition sequence containing a dyad axis of symmetry using only A, C, G and T, i.e., the sequence reads the same in the 5´→ 3´ direction on each strand.

    一种限制性酶识别序列,包含仅使用A、C、G和T的Dyad对称轴,即该序列在每条链上的5´→3´方向上的读数相同。

    Partially Palindromic

    A restriction enzyme recognition sequence containing a dyad axis of symmetry with degenerate positions. For example, the recognition site of Sty I is given as CCWWGG; therefore, Sty I cleavage occurs at the sequences CCAAGG, CCATGG, CCTAGG and CCTTGG.

    一种限制酶识别序列,包含具有退化位置的对称Dyad轴。例如,sty i的识别位点是ccwwgg,因此,sty i的裂解发生在ccagg、ccatgg、cctagg和ccttgg序列上。

    最后来看看如何看懂基本含有全部酶切位点的表:

    https://international.neb.com/tools-and-resources/selection-charts/alphabetized-list-of-recognition-specificities

    说明.png 表.png

    首先
    左边是序列和酶切位点,右边是酶的名称

    方向是5'->3'

    回文序列是用/ 表示酶切位点

    对于有括号的,就是前面那个数字,代表5' 到 3' 方向的识别位点,后面那个数字代表3' 到 5' 方向的识别位点

    For example, GGTCTC(1/5) indicates cleavage at:
    5´ ...GGTCTCN/...3´
    3´ ...CCAGAGNNNNN/...5´

    注意里面还有一个single letter code

    single letter code

    好的,基本就先了解这些内容

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