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unibind:human转录因子结合位点数据库

unibind:human转录因子结合位点数据库

作者: 生信修炼手册 | 来源:发表于2019-07-30 13:06 被阅读9次

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    unibind采用了ChIP-eat这个工具对ReMap数据库中转录因子的chip_seq数据进行分析,对于来自JASPAR数据库中的人类转录因子,通过结合chip_seq数据的分析结果和转录因子的PWM等模型来准确预测转录因子结合位点,该数据库网址如下

    https://unibind.uio.no/

    数据分析的流程如下图所示

    该数据库对来自315个不同组织和细胞系,231种转录因子,共1983个chip_seq原始数据进行分析,与hg38基因组进行比对,通过peak calling识别到peak区域,再进一步结合PWM, DNA shape model, TFFM, Bingding Energy model4种模型在peak区间的基础上进一步预测转录因子结合位点。

    通过首页的检索框,可以根据各种关键词进行检索

    检索结果如下所示

    点击每个数据集可以查看详细结果,示意如下

    在该页面,可以下载peak区间,也可以下载TFBS的bed文件和fasta文件。TFBS的bed格式内容如下

    JASPAR数据库只提供了转录因子的motif信息,unibind则在此基础上提供了TFBS的信息,可以看作是对JASPAR数据库的一个补充,对于转录因子研究而言,TFBS信息非常的重要,对于研究转录因子调控的靶基因意义重大,所以该数据库非常的实用。

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