美文网首页
miRTarBase:miRNA-靶标互作数据库

miRTarBase:miRNA-靶标互作数据库

作者: 凌恩生物 | 来源:发表于2022-07-13 11:28 被阅读0次

MicroRNA (miRNA) 是一类长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA分子,它们通过与靶mRNA配对以调节基因表达,并在各种生理和病理过程中产生显着变化。近年来,miRNA与其靶基因的互作(MTI)已成为药物开发的主流方向。miRTarBase作为一个miRNA-靶标互作的数据库,前后经历了五次修改和增强。2022年更新版的数据库可访问地址:https://miRTarBase.cuhk.edu.cn/。

更新版数据库包括从13389篇文章和 CLIP-seq 数据中积累的220万个经实验验证的MTI。采用优化的评分系统,增强本次更新对 MTI 相关文章和相应疾病信息的识别。整合了胞外囊泡、血液和不同组织的 miRNA 表达谱,包括外泌体miRNA和组织特异性miRNA,以探索 miRNA 功能和生物标志物。

表   miRTarBase 9.0改进和新增

对于用户界面,开发者对与 miRNA 作用相关的各种验证实验进行了分类,包括 RNA 表达、特异性相互作用、蛋白质表达和生物学功能。

图    miRTarBase的新增界面

总之,最新版的miRTarBase包含最全面且经过实验验证的注释,用户界面也更加友好,是研究MTI的最佳选择。

参考文献

miRTarBase update 2022: an informative resource for experimentally validated miRNA–target interactions. Nucleic Acids Research, 2021.

相关文章

  • miRTarBase:miRNA-靶标互作数据库

    MicroRNA (miRNA) 是一类长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA分子,它们通过与靶mRNA配对以调节...

  • 纯生信分析套路 支持向量机(SVM)精准的探索miRNA中暗物质

    支持向量机发掘miRNA-靶基因互作中癌症相关的miRNAs 【导读】 解读生物遗传密码的工作逐渐精细化,当下Mi...

  • miRTarBase数据库

    介绍 miRTarBase数据库是一个专门收集有实验证据支持的microRNA-mRNA靶向关系(MTI, Mi...

  • STRINGDB包的简单使用

    String是一个很好的蛋白互作网络数据库,其不仅包含了直接物理作用的互作关系,还包含了蛋白之间以间接作用的互作关...

  • PHI 数据库

    病原宿主互作(PHI)数据库介绍 PHI-base(Pathogen Host Interactions),病原宿...

  • 如何做蛋白质互作网络图

    原创 如期生物 使用String数据库,可以做做蛋白质互作网络图。String数据库(https://strin...

  • miRTarBase:实验验证的miRNA靶基因数据库

    欢迎关注”生信修炼手册”! miRTarBase是一个手工收集的,经过实验验证过的miRNA靶基因数据库,网址如下...

  • 药物数据库

    一:小分子数据库 来源:小分子互作研究宝典:各大数据库总结 (sohu.com)[https://www.sohu...

  • miRNA分析中常用的数据库

    一、miRBase数据库 miRBase序列数据库是一个提供包括miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方...

  • miRTarbase简介

    miRTaebase是台湾搞的一个专门收集有实验证据支持microRNA及其靶基因间关系的数据库,虽然收录数据不多...

网友评论

      本文标题:miRTarBase:miRNA-靶标互作数据库

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/mynzbrtx.html