如何批量读取xlsx, xls, csv文件

作者: PriscillaBai | 来源:发表于2018-08-27 14:47 被阅读109次

    在实际工作中,测序数据往往一大堆堆在一个文件夹下,尤其有钱的实验室,那么该如何批量打开呢?

    读取xlxs, xls格式文件的R包:

    library(readxl)
    df<-read_excel("m.xlxs",header=T,sep = "\t")
    

    如何批量读取:

    我最开始想的是:
    ##设置工作路径
    setwd("/Users/baiyunfan/desktop/5.AS/ASevent")
    ##正则表达,提取这个路径下,所有以.xls结尾的文件
    temp=list.files(pattern = "*.xls")
    for(i in 1:length(temp)){
      list.files()[i]=read.csv(list.files()[i],header=T,sep = "\t")}
    
    temp

    很快我发现不行,因为R不允许以变量开头,出现如下报错:

    再次谢谷歌,经查找后,我发现assign这个函数可以解决问题,将右边的值赋给左边的变量,避免以变量开头

    for(i in 1:length(temp)){
      assign(temp[i],read.csv(temp[i],header = T,sep = "\t"))
    }
    

    这样就可以批量读取文件啦~~~

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