在实际工作中,测序数据往往一大堆堆在一个文件夹下,尤其有钱的实验室,那么该如何批量打开呢?
读取xlxs, xls格式文件的R包:
library(readxl)
df<-read_excel("m.xlxs",header=T,sep = "\t")
如何批量读取:
我最开始想的是:
##设置工作路径
setwd("/Users/baiyunfan/desktop/5.AS/ASevent")
##正则表达,提取这个路径下,所有以.xls结尾的文件
temp=list.files(pattern = "*.xls")
for(i in 1:length(temp)){
list.files()[i]=read.csv(list.files()[i],header=T,sep = "\t")}
temp
很快我发现不行,因为R不允许以变量开头,出现如下报错:
再次谢谷歌,经查找后,我发现assign这个函数可以解决问题,将右边的值赋给左边的变量,避免以变量开头
for(i in 1:length(temp)){
assign(temp[i],read.csv(temp[i],header = T,sep = "\t"))
}
这样就可以批量读取文件啦~~~
网友评论