免疫荧光空间转录组：获得组织复杂性的新视角

技术背景介绍

带有免疫荧光的Visium空间基因表达解决方案能将免疫荧光蛋白检测和空间基因表达与组织学分析结合起来，使空间转录组学技术更容易实现组织切片和免疫荧光染色的方法。

该工作流程简单，并且易于使用各种免疫荧光抗体，可以利用自己已验证的带有荧光标记的抗体对蛋白质进行免疫荧光染色，通过Visium方案全面了解整个组织切片中mRNA的表达，该技术结合了空间基因表达与免疫荧光，具有惊人的潜力。

技术应用

通过同步基因表达和蛋白质分析获得组织复杂性的新视角，结合Visium空间基因表达技术与免疫荧光技术，将扩展研究范围，应用到肿瘤学、免疫肿瘤学、神经科学等领域。

冠状小鼠脑切片通过免疫荧光染色、成像，然后通过Visium空间基因表达工作流程进行处理：

NeuN免疫荧光 Visium Rbfox 3的空间mRNA表达 编码NeuN的基因与Visium获得的间Rbfox3 mRNA数据重叠的NeuN免疫荧光图像 Visium获得的mRNA数据的总UMI空计数重叠的NeuN免疫荧光图像

技术亮点

• 通过结合同一组织切片上的蛋白质、mRNA和组织学分析，充分利用珍贵的样本；

• 发现具有细胞类型特异性的新组织生物标志物和药物靶标；

• 表征免疫细胞和工程化T细胞及其在组织微环境中的活性状态；

• 探究肿瘤区域的基因表达谱；

• 识别分泌分子的细胞来源；

• 空间定位神经元亚型及其基因表达谱。

技术路线

1) 新鲜冷冻组织切片后，放置于文库制备载玻片上；

2) 切片固定、IF染色和成像；

3) 透化，释放的mRNA结合带有barcode的空间捕获探针；

4) 反转录cDNA，扩增并构建文库；

5) 文库测序；

6) Space Ranger数据处理，Loupe结果可视化，数据分析

工作流程