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一个逆天的small RNA-seq数据挖掘神器

一个逆天的small RNA-seq数据挖掘神器

作者: 医科研 | 来源:发表于2019-03-17 21:16 被阅读54次

    大家好,我是白介素2同学,继续分享数据挖掘神器。
    随着高通量测序技术的不断发展完善,大批量的基因组数据积累在数据库中,这个大家都很清楚。近些年,越来越多的证据表明 samll non-coding RNA(sncRNAs)也发挥了很重要的调节作用。同样的,分析这些数据对物生物信息背景的研究人员而言存在诸多困难,这个时候我们就需要一款神器助攻了。
    先看看大概长啥样,简洁干净清爽的界面,名字就叫SPAR,不是那个SPA。全称:Small RNA-seq Portal for Analysis of sequencing expeRiments


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    分析公共数据集功能

    这部分功能能帮助大家分析已有的 small RNA-seq****数据集,这些数据集已经整合在一个数据库中了,分析非常常方便,下面可以演示下看看怎么操作的。

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    选择一个数据集后,点击一下 Analyze DASHR,就能看到以下的界面,发现结果已经出来了,还贴心的提供了分析结果的链接:
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    接下来白介素同学就点击一下结果链接可以发现:
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    随便点一个看下,都是可供下载的:
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    再看下result部分的结果,全部分析中的结果文件都整合在这里,可以下载,都是txt, xls, 还有Rdata格式的文件,全部文件都可下载:
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    当然了,最简单的方式还是在这里,提供了完整的数据下载链接,分析报告等等等,可以打包下载,还有完备的htlm格式报告,方便用户浏览:
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    再看能得到的一些分析结果图吧,这些全部都是一次性给出在分析报告中的:
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    这里白介素同学就不再多放了,大家可以自己去点击试下,非常简单,除此以外,另外两个数据库的数据集也已整合完备,可以直接点击选择分析:
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    分析自己的数据

    除了已有的公开数据可以直接分析,用户可以选择上传自己的数据进行分析,同样的界面非常简洁,只需要稍作点击选择即可:

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    说到这,基本上这个工具的功能就是这样了,白介素同学用过很多数据分析的工具,还头一次见到用起来这么顺手舒服的呢,长得又好看,又有才华。好了好了,介绍给大家,至少如果是samll RNA-seq的数据,有了这个,感觉那些公司的分析报告还比不上这个呢。
    还是老样子,每用一个工具,最后总要介绍下是何方神圣,该神器发表在著名的 Nucleic Acids Research杂志上,大家可以放心愉快的使用了吧。
    内容分享完了,白介素2同学祝大家周末愉快!(抱拳抱拳)
    附上神器网址:
    https://spar.lisanwanglab.org/
    附上参考资料文献:
    https://academic.oup.com/nar/article/46/W1/W36/4992647

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