[干货分享] 又一个碉堡的RNA-seq数据分析神器，分析不求人

作者：白介素2

---

这是最好的时代，这也是最坏的时代；
这是一个高通量技术蓬勃发展的时代，这也是小实验没钱做不起的时代
这是一个海量高通量数据累积共享的时代，这也是医生不会分析数据的时代
无论这是好的时代还是坏的时代，白介素同学总是会给你分享我遇到的科研神器

本期介绍的科研神器: BioJupies分析平台
功能：自动化挖掘GEO测序数据 或分析自己的测序数据
基本界面，先看看神器长啥样？

image.png

接下来看看分析步骤，以example数据为例，探索下能做哪些分析？发现这个数据集存储在GEO数据库，基本信息都提供了相应链接，很简单，咱们直接点击Analyze按钮

image.png
可以得到下面的界面，让咱们自己选择需要做哪些探索性的分析，包括 PCA,聚类分析等等，当然也包括 差异分析，火山图，富集分析等等，具体看下图片界面：
image.png
image.png
image.png
image.png

白介素同自己在测试时当然是多多益善，想看看这个工具究竟有多强，然后点击continue按钮继续，

image.png
image.png
以上这些操作完成后，连续点击Continue, Generate Notebook,稍后你就会得到一个自动化的分析报告，图片数据一应俱全，以下看下得到的分析报告：
image.png
这是一个超链接的目录，可以下简单看些结果，比如点下聚类分析，PCA分析结果，
image.png
image.png

火山图

image.png
image.png
通路富集分析结果
image.png
image.png
分析报告太长，这里就不去全部列出展示了，总之是上面提到的分析，勾选了Add就会出现在分析报告中，
值得注意的是，分析报告是jupyter nbviwer这样一个Notebook形式，如果想完整下载保存整个Notebook需要安装python等等其它的一些软件，白介素同学做了简单测试，但是觉得比较复杂，可能不大适合初学者，因此这里不再做详细介绍了，提供的单个下载数据已经够用了。
还要再讲下这个平台的出身，关于这个平台的文章发表在《Cell Systems》杂志，IF=8.98
image.png
高通量测序，芯片等技术已经成为常规技术，但分析有一定的门槛需要一定的生物信息背景，学界也注意到了这个问题，不断在尝试进一步整合分析工具，尽可能的降低门槛，方便Biologists使用，网络轻工具的出现，当然也能解小伙伴们燃眉之急，分析不求人。
分享就到这里，快过年了，白介素同学祝大家假期愉快！
附上神器网址：https://amp.pharm.mssm.edu/biojupies/
参考文献资料：https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712