gcta 计算 fst 实践

作者: 小鲨鱼2020 | 来源:发表于2020-04-26 22:58 被阅读0次

1、测试数据下载

链接：https://pan.baidu.com/s/1EfffExvtxZYI1QLuxUZQ_g

提取码：5wfe

数据为plink 格式数据test.map、test.ped ；

一共包含三个品种，DOR、GMM、SUN各20个样本。

2、提取两个品种数据

grep -E "DOR|SUN" test.ped > a && mv a test.ped

一共40 个样本，DOR 20，SUN 20。

awk '{print$1,$2,$1}' test.ped > subpopu.txt

plink --file test --make-bed --sheep --out test

gcta64 --bfile test --fst --autosome-num 26 --sub-popu subpopu.txt --out test

查看结果如下：

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