1 下载、安装、编译 QTLtools

下载、解压 QTLtools：

wget https://qtltools.github.io/qtltools/binaries/QTLtools_1.3.1_source.tar.gz
tar xzvf QTLtools_1.3.1_source.tar.gz
cd qtltools/

在编译QTLtools之前需要添加library，如下步骤所示：

1.1 添加BOOST_INC和BOOST_LIB

先查询program_options.hpp和libboost_program_options.a文件：

find / -name "program_options.hpp" 2>test
find / -name "libboost_program_options.a" 2>test

对于以上搜寻的结果，假如返回以下路径：

• /usr/include/boost/program_options.hpp
• /path/lib/libboost_program_options.a

则把以上路径加入到BOOST_INC和BOOST_LIB中：

BOOST_INC=/usr/include
BOOST_LIB=/path/lib

1.2 添加RMATH_INC和RMATH_LIB

先安装R:

wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.2.2.tar.gz
tar xzvf R-3.2.2.tar.gz  
cd R-3.2.2/  
./configure  
cd src/nmath/standalone/  
make

安装成功后，会生成如下信息：

image

假如libRmath.a在/path/R-3.2.2/src/nmath/standalone路径下，则把以下路径加入到RMATH_INC和RMATH_LIB中：

RMATH_INC=/path/R-3.2.2/src/include  
RMATH_LIB=/path/R-3.2.2/src/nmath/standalone

1.3 添加HTSLD_INC和HTSLD_LIB

下载、安装htslib-1.3.1.tar.bz2

wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.3.1/htslib-1.3.1.tar.bz2
tar xjvf htslib-1.3.1.tar.bz2  
cd htslib-1.3.1/  
./configure  
make

安装成功后，显示如下信息：

image

假如文件libhts.a 位于/path/Libraries/htslib-1.3.1/路径中，则把该路径加入到HTSLD_INC和HTSLD_LIB中：

HTSLD_INC=/path/Libraries/htslib-1.3.1 
HTSLD_LIB=/path/Libraries/htslib-1.3.1

1.4 将以上路径全部加入到QTLtools的Makefile文件中

准备好以上的路径后，返回QTLtools的路径。在QTLtools路径下找到Makefile文件。

输入vi Makefile，可以看到这几个路径是空的：

image

现在我们的任务就是将步骤1.1-1.3的路径加入到这个文件中，效果如下：

image

随后退出、保存文件。
输入如下命令：

make
make DESTDIR=/install/directory install 

• 指定安装路径为/install/directory（请根据需要设置自己的路径，不要照搬我的）

编译成功的话，输入QTLtools --help会显示如下界面：

image

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致谢橙子牛奶糖（陈文燕），请用参考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX

感谢小可爱们多年来的陪伴， 我与你们一起成长~