工具官网:https://rubd.github.io/Giotto_site/
代码官网:https://github.com/RubD/Giotto/
简介:
该分析模块通过实现广泛的算法来表征组织组成、空间表达模式和细胞相互作用的特征,从而提供 end-to-end 一条龙的分析流程
发表时间:08 March 2021
发表杂志:Genome Biology
文献Doi : https://doi.org/10.1186/s13059-021-02286-2
发表作者:Guo-Cheng Yuan 美国达纳-法伯癌症研究所和哈佛医学院儿科肿瘤系
主要分析内容点:
- clustering 空间数据聚类
- spatial enrichment 结合单细胞数据进行spot注释
- spatital patterns 空间表达模式分析
- cell neighborhood 空间细胞临近通讯分析
分析pipeline:
Snipaste_2022-03-03_22-10-44.png
网友评论