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可变剪接文章套路(一)

可变剪接文章套路(一)

作者: cHarden13 | 来源:发表于2019-12-27 07:59 被阅读0次

PSI值:(再翻墙找一下答案)

PSI ( Percent-spliced-in,拼接百分比)可以针对isoform, exon,

ASE

进行计算,对于ASE来说, PSI = splice_in / (splice_in

+splice_out),

在RNA-seq 数据中splice_in 和splice_out分别是支持

splice in 和splice out 发生的reads的数目

PSI模式图

剪接因子:

SF(剪接因子, splicing factor)参与RNA前体剪切过程的蛋白质因子。根据其功能作用,可以分为核小核糖核蛋白颗粒(snRNP)蛋白因子和非snRNP蛋白因子。

可变剪接表达矩阵的过滤和补缺?

1.低表达量过滤(PSI值接近于0的)2.标准差过滤(表达差异小)

绘制7个气泡图(7种可变剪接事件)

lasso回归:筛选相关性高的基因

第一个视频28min:lasso回归图的意义

生存分析:按照中位值将病人分为高低风险两组

绘制7个ROC曲线

P25:热图表示可变剪接基因是高风险基因还是低风险基因

提取SF的表达量,然后可以做AS事件和SF表达量的分析,最后绘制调控网络

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