fst计算失误猜测

等位基因是指同源染色体上控制相对性状的一对基因。注意一下相对性状的概念，它是指某种性状的不同表现形式，如同样是颜色，可表现为黑和白两种形式，那么黑和白就是一对相对性状。A与a分别控制显性和隐性性状，所以它们是等位基因，而A与A、a与a控制的都是相同的性状，所以它们不能称为等位基因，只能称相同基因。
在snp之后的VCF文件中，本来应该只有0\0,0\1,1\1（o表示没突变，1代表突变了）三种情况的地方出现了2 ，结合fst值计算是由需要用到等位基因频率（具体fst值计算见网上fst计算文章），猜测可能由于过滤时没过滤二肽SNP（具体见snp calling文章）

基因型

1、基因型，是指某一生物个体全部基因组合的总称。它反映生物体的遗传构成，即从双亲获得的全部基因的总和。遗传学中具体使用的基因型，往往是指某一性状的基因型。两个生物只要有一个基因型不同，那么它们的基因型就不相同，因此基因型指的是一个个体所有等位基因的所有基因座上的所有组合。在杂交试验中，专指所研究的、与分离现象有关的基因组合，如纯种高茎豌豆（DD）、杂种高茎豌豆（Dd）等。基因型一般不能直接看到，需要通过杂交（测交）试验从表现型来推知。

2、据估计，人类的结构基因约有5万对。因此，整个生物的基因型是无法表示的，遗传学中具体使用的基因型，往往是指某一性状的基因型。