学R包请参考此链接：Rstudio 开发R包

文档

其他文章：
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Rstudio 开发R包
开发自己的R包sayHello

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步骤：

1.建立R项目

image.png

RStudio会在当前目录（默认是个人目录下）创建一个R包文件夹，主要文件（夹）包括：man，R，DESCRIPTION，NAMESPACE以及xx.Rproj

2.DESCRIPTION文件进行修改

image.png

3.进入R文件夹，创建r脚本，需要填写帮助信息的，ctrl+shift+alt+R 建立帮助模板

将R里面填写的帮助信息，打包到man文件夹中。devtools::document()

image.png

4.上传到github,下载测试ok

library(devtools)
install_github("caokai001/kcaoplot")
library(kcaoplot)

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Tips:

• 主要在R文件夹里面，写很多xxx.r脚本，进入xxx.r 脚本，对需要建立帮助信息的函数，使用ctrl+shift+alt+R 建立帮助信息，将所有的帮助信息打包到man 中。
  image.png

• 上传github 项目
• 参考2

git add .
git commit -m "提交文件"
git remote add origin https://github.com/caokai001/kcaoplot.git
git push -u origin master

• 目录大体如下：

  
  image.png

• 打包成压缩包及其安装

cd .. ## 进入上一级目录
R CMD build kcaoplot
R CMD INSTALL kcaoplot_0.1.0.tar.gz

---
# 再上传到github
mv kcaoplot_0.1.0.tar.gz kcaoplot  ## 压缩包移动到project里面

cd kcaoplot

git add .
git commit -m "add kcaoplot.tar.gz file"
# git remote add origin https://github.com/caokai001/kcaoplot.git
git pull origin master
git push origin master
# 有时候出现版本冲突
# git push -u origin master -f

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第二部分：R包开发相关 谢益hui

1.如何将数据集放到R 包中

如果你想存储二进制数据，并将其提供给用户， 把它放在data/。这是放置示例数据集的最佳位置。
如果要存储解析的数据，但不能将其提供给 用户，请将其放入R/sysdata.rda。这是放置您的功能需要的数据 的最佳位置。
如果要存储原始数据，请将其存储在inst/extdata中。比如readme.md 需要的图片文件。

比如将iris5=iris ,放入到kcaoplot中

• save(iris5, file = "iris5.rda"),将iris5.rda 放入到data 文件夹

• R文件夹建立data.R,对于数据进行解释 rmini/data.R

• library(kcaoplot);data(iris5) 或者DESCRIPTION里面LazyData: yes 自动加载数据集。DESCRIPTION

## how to document datasets: you need to specify @docType and @name; do not
## forget NULL in the end

#' Some random data
#'
#' A few numbers from \code{iris5}.
#' @docType data
#' @name iris5
#' @format A numeric dataframe.
#' @source Generated from iris data
#' @examples data(iris5)
#' str(iris5)
NULL

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第三部分 ：资料

https://www.youtube.com/watch?v=SkbawHdF9Gk

• 教程全

• Hadley Wickham的R包
  R包开发教程

• namespace 将对象展示出来

• 函数作用域

• 大文件上传

文件过大，查看.git 文件夹非常大。删去

• 安装bioconducer

Depends:
    R (>= 3.3.0)
biocViews:
Imports:
    methods,
    snpStats,
    dplyr

版本冲突github