基因编辑是现在及未来生物技术领域中最具潜力的,CRISPR-Cas9技术是其中最为简单且经济的方法,基因编辑的目的在于获得带有目的同源基因组编辑的克隆种群,因此需要对来自原代细胞转化出的多个克隆进行筛选。筛选的过程就可以通过Sanger测序来完成,Sanger测序速度非常快,并且使用广泛,但它产生的信号是样品中所有基因型的累积。因此,需要一个计算工具来推断样品的单个序列。
根据 2017 年发布的CRISPR/Cas9基因组编辑产品市场分析报告来看,80% 被调查者认为目前CRISPR工作流程中最为紧迫的挑战,便是基因组编辑结果的校验。
2018年,Synthego公司推出了CRISPR编辑推断 (Inference of CRISPR Edits, ICE),这是一种免费且开源的CRISPR分析软件,可以使基因编辑人员通过Sanger测序验证结果,现已成为可靠的Sanger数据批量处理方法。
ICE分析直观,能在几秒钟内就能通过Sanger测序数据获得 NGS 质量等级的结果。且操作界面易于使用。能提供了插入和缺失 (indel) 的百分比、indel 的出现率以及与野生型基因序列的不一致性对比,且同时可以分析几百个样品。ICE不仅能比其它算法提供更准确可靠的indel数据,而且还能迅速生成发表级别的indel spectrum和Sanger traces。
ICE为分析CRISPR编辑实验提供了一种稳健和可重复的方法。并且减少了与实验相关的劳动力、成本和时间,自此基因组编辑结果的分析不再是精确基因组编辑的限制因素。
参考文献:Conant D, Hsiau T, Rossi N,al. Inference of CRISPR Edits from Sanger Trace Data. CRISPR J. 2022 Feb;5(1):123-130.
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