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为了上课,TBtools有了「电泳图」模拟功能

为了上课,TBtools有了「电泳图」模拟功能

作者: 生信石头 | 来源:发表于2022-04-24 11:44 被阅读0次

写在前面

Emmm,不了解我的,以为我不整实验;知道我的,清楚我其实是先在实验室待了 5 年多,期间大田生理,组织培养,遗传转化,分子生物,多少都有学习。只是后面接触生信数据分析后,了解实验的时间精力明显不够,同时相关技术方法迭代也不慢。最直观的两点,PCR现在基本都用 mix,载体构建也不酶切了。时代的大船,等不了我们太久。
回到主题,湿实验的经历,让我相对于其他做生信数据分析的人而言,有更多的一些类似“情怀”的东西。于是,我有着无穷无尽的想法,绝大多数跟湿实验工作还是相关。近期,上课备课是我主要的时间精力开销。备课到群体遗传方面,自然想起了几年前一直想整的“电子版电泳图”。昨晚有点疲惫,干脆就写一个出来。前前后后,加上优化,花了有大概有将近 2 个小时。不过我觉得这个功能还是有用,比如:

  1. 课堂教学,青年教师,避免不了要上课教学的,展示一些可能的扩增结果
  2. 课题讨论,可以对结果有个预期,方便讨论

功能简介与使用

简单来说,一张图说明一切



主要输入就是一个文本区域,当然还有另外两个选项,一般无需理会:

  1. 文本区域,每一行对应了预期凝胶电泳图的一个泳道
  2. Min Size,如果有Marker了,那么无需理会,如果没有,那么可以限制一下最小片段,以免样品跑出去了....
  3. Show Size,即是否在条带旁边显示数字,这个可以拿来做一些奇怪的事情

教大伙做一些奇怪的事情

Emmmm,小时候,有一些朋友在网络上看到一些凝胶电泳图,对吧。大概就是这样。

5000,2000,1500,1000,750,500,250,100
2000,1100
5000,500
3000,180
2000,100
3000,180
5000,500
2000,1100

简单的设计,优雅的输出。



我们只需要依据坐标,微调,然后去掉 Size,那么就可以得到



如果你对「TBtools」的 JIGplot 引擎交互式操作熟悉的话,可以「Merge All Panel」,然后再微调一下,得到下面

写在最后

湿实验室的浪漫,咱们在「TBtools」里面,似乎也做到了?很好,完美离题。

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