收藏贴-顺式作用元件分布图绘制

今天一起了解下顺式作用元件分布图如何绘制！

上图展示的是每个基因上游promoter区（基因位于负链则为下游，长度一般是起始密码子前1500bp），顺式作用元件种类及分布情况，具体某个数据时可以选择自己感兴趣的基因、顺式作用元件进行展示。

今天给大家介绍一款非常简单实用的在线软件GSDS：访问地址：http://gsds.cbi.pku.edu.cn；GSDS全拼是：Gene Structure Display Server ，是一款很好用的基因结构绘图软件，今天只给大家介绍下如何用GSDS进行顺式作用元件绘图：

数据准备：

用GSDS绘制顺式作用元件分布图需提交2个数据，一是基因骨架信息；二是顺势作用元件位置及名称信息，两文件格式是bed格式或者Excel表均可，如下图：

1. 基因骨架信息BED文件：

如官方示例所示，提交的基因骨架信息BED文件由五列构成，前四列是必填项，第五列选填；第一列是基因ID，第二三列是提取的promoter区起止碱基，本示例数据取起始密码子前1500bp序列进行的顺势作用元件预测，所以表内第二列写0，第三列写1500，第5列序列类型选择CDS，本示例数据共选择了72个感兴趣基因进行作图，具体格式如下图（部分展示）：

2. 顺式作用元件位置及名称信息BED文件：

顺式作用元件位置及名称信息文件格式如下：共4列组成，第一列是基因ID，是对应基因骨架BED文件中72个基因ID；第二、三列是每个顺式作用元件起止位置，第四列是相应顺式作用元件名称，不感兴趣的顺式作用元件可在生成图片后进行选择性展示：（部分展示）

3. 绘图及美化

以上两个数据准备好后，即可上传，后点击Submit开始作图，约1-2分钟即可生成下图：（部分展示）

不过，目前看来这个图还是比较丑的，不过没关系，我们可以通过下方调整区控件进行图片美化：

最终在小编小编的努力下图片稍微漂亮点：

好了，顺式作用元件分布图初步完成了，后期所做的调整修改这里就不过多介绍了，大家自行参悟吧！生成图片后GSDS网站提供SVG、PNG、PDF格式保存，同时网站还提供在线的片煸编辑工具，不过试了下不是太好用，(可能是小编电脑或网速问题)，小编还是喜欢用AI软件编辑像PDF等图片，AI软件你知道是什么吗？用过吗？下一期，小编带您一起AI编辑！

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