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【复现】RRA整合4套GEO数据差异表达基因

【复现】RRA整合4套GEO数据差异表达基因

作者: 生信交流平台 | 来源:发表于2022-03-13 17:11 被阅读0次

    上一期,给大家介绍了

    【R语言】Robust Rank Aggregation(RRA)方法介绍

    今天我们使用RRA方法来复现一篇paper中的结果。

    这篇文章的标题就直奔主题,“应用Robust rank aggregation 法筛选肝癌的差异表达关键基因”。

    本文中一共分析了四套肝癌的GEO数据,其实都是公共数据,大家也可以挖掘。

    文章整体思路也是很straightforward,就两步。

    第一步,通过差异表达分析获取每一套数据中的差异表达基因。小编前面也给大家系统的介绍过GEO数据库检索以及GEO芯片数据差异表达分析

    GEO数据库数据检索方法(一)

    GEO数据库数据检索方法(二)

    GEO数据库数据页面介绍(三)

    GEO芯片数据差异表达分析

    零代码差异表达分析工具:GEO2R

    零代码差异表达分析——手把手带你GEO实战

    差异基因分析之后,作者绘制了四张火山图

    前面小编也给大家介绍过火山图怎么看,以及怎么绘制火山图。

    ☞火山图怎么看

    ☞R一行代码搞定火山图

    ☞手把手教你绘制火山图

    第二步,就是使用RRA方法来对四套GEO数据中获取的差异表达基因进行整合和排序。

    这里分别挑选了整合之后上调的top10基因和下调的top10基因,来绘制了这张热图。小编前面也给大家介绍过热图的绘制

    【R语言】热图绘制-heatmap函数

    【R语言】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案

    【R语言】热图绘制-heatmap+gplots配色方案

    【R语言】热图绘制-heatmap+grDevice配色方案

    下面是我们通过RRA分析之后,绘制的热图。看上去比原文里里面的好像还美观一点~~~。红色部分对应的是整合之后上调top10基因,蓝色部分对应的是整合之后下调top10基因。

    完整代码参考☟☟☟

    【复现】RRA整合4套GEO数据差异表达基因

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