iso-seq全长转录本

作者: 小潤澤 | 来源:发表于2020-04-29 21:36 被阅读0次

这个是我在听报告时听到的,对这个比较感兴趣,这里作为学习笔记

关于iso-seq

首先介绍下iso-seq,这是基于PacBio的单分子实时测序,隶属于三代测序,其特点是超长的读长,故在建库中无需打断RNA链,保证了RNA的完整性,即有完整的5'端到3'端的RNA链,所以具有超高的准确率,在鉴定转录本,fusion gene,可变剪切的事件中发挥了比较准确的效果(wiki百科)

通常来说,iso-seq的建库方式是通过拉取poly A尾巴的全长转录本,然后反转成cDNA,然后进行cDNA修复。在测序时,测序长度分为CLR模式和CCS模式

参考:https://github.com/PacificBiosciences/IsoSeq

IsoSeq 数据聚类程序 SMRTLink
https://github.com/PacificBiosciences/IsoSeq_SA3nUP/wiki

长序列比对软件 minimap2
https://github.com/lh3/minimap2

全长转录组去冗余程序 Cupcake
https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake

当然最美不过官网:
https://www.pacb.com/products-and-services/analytical-software/rna-sequencing/
以及workflow:https://www.pacb.com/support/software-downloads/

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