CHIP-Seq(8)：功能富集分析

现在已经找出了转录因子的结合位点，那么这些位点所调控的基因具有什么功能，就得需要进行功能富集分析。有两种方法

方法一

great网站：GREAT Input: Genomic Regions Enrichment of Annotations Tool, Bejerano Lab, Stanford University
直接在网站里输入bed文件

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这里需要转录因子结合位置的位置信息，只需要三列，
第一列：染色体号
第二列：起始位置
第三列：终止位置

 cut -f 1-3 D4_CpG_STAT3_ChIP_peaks.narrowPeak > D4_CpG_STAT3_ChIP_peaks.bed

富集到免疫相关的功能，和原文一致

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方法二

找到转录因子结合位点所对应的基因名字，使用DAVID网站DAVID: Functional Annotation Tools (ncifcrf.gov)

#####1.寻找转录因子结合位点所对应的基因名字，使用homer进行peak注释
#注意需要将bed文件改造为homer所能识别的格式，改造过程在第七步，使用homer寻找motif
annotatePeaks.pl  D4_R848_STAT3_homer.bed hg19  > D4_R848_STAT3.xls

第一个参数为peak的bed文件，第二个参数为参考基因组的名称。输出结果如下所示

image.png

注释的内容包含两个部分，第一部分是距离peak区间最近的转录起始位点TSS，第二部分是对peak在基因组区域的分布，比如TSS,TTS,3’UTR,5’UTR等区域。第16列表示基因名字

2.将基因名字输入David网站结果

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