makeblastdb及blastp的使用

Blast概述：

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

blast是常用的比对软件，在linux系统下安装完成blast套件后，可以使用blastn进行核酸序列的比对，基本的使用模式为确定搜索的库，然后使用blastn对指定的序列在库中进行比对，如果想要自定义搜索库，需要使用makeblastdb来创建，更多的细节可以参考blast 官方文档接下来我将介绍如何创建自定义搜索库并进行搜索的步骤。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。

BLAST比对原理就是基于序列的相似性，推断该序列的同源基因，又根据同源基因具有相同功能，从而达到功能注释的目的，这个方法往往是有效的。尽管方法会误判（假阳性）或漏判（假阴性），但目前还没有能替代相似性推断同源性的方法，只能通过设置合理的阈值，尽量减少假阳性和假阴性的发生。但相似性并不能证明同源性。

常用的blast

blastn: 核酸序列比对
blastp: 蛋白质序列比对
blastx: 核酸翻译成蛋白质序列，再与蛋白质序列库比对
tblastn:核酸序列库翻译成蛋白质序列库，再与蛋白质序列比对
tblastx:核酸与核酸序列库都翻译为蛋白质序列，再在蛋白质水平上比对

makeblastdb:建立自定义的比对序列库

makeblastdb \
 -dbtype prot \
 -in H7L1.fa \
 -input_type fasta \
 -parse_seqids \
 -out H7L1.blastdb

建库结果：

blastp 比对

blastp \
 -query H7L26.fa \
 -db H7L1.blastdb \
 -out  out/H7L1_H7L26.xls \
 -task blastp

blast参数 比对结果

参考链接：

Blast基本介绍 - 实验方法 - 丁香通 (biomart.cn)

makeblastdb及blastn的使用_卡西莫多的礼物的博客-CSDN博客_makeblastdb