【文献简报】通过共享单细胞RNA和染色质开放区域来鉴定染色质潜力

这篇文章开发了一种同时捕获RNA和染色质开放信号的方法，在该方法中，染色质中的开放区域先被Tn5标记，RNA再反转录成具有biotin的cDNA。通过多轮的indexing，使得每个单细胞中的RNA和染色质均同时被独特的DNA barcode标记。最后通过链霉素将cDNA和染色质分开，并分别建库测序。该技术在单次实验中可以构建多达一百万个单细胞的文库，而花费仅不到一千美元。在保持检测灵敏度的基础上，该技术大大提高了检测通量，为对复杂系统的大规模测序打下了基础。文章做了四种细胞系，三种小鼠组织样本（肺，脑，皮肤）共84,426个单细胞，均获得了高质量的单细胞数据。进一步仔细分析了小鼠皮肤和毛囊发育中的不同细胞类型，并发现RNA水平和染色质可及性均能够用来定义细胞的类型或者状态。但是，二者并非完全一致。比如，在某些高度增殖的细胞中， 细胞周期相关的RNA表达水平明显增高，但是染色质可及性却没有明显的变化。利用SHARE-seq提供的成对的信息，作者研究了细胞中顺式调控因子的变化情况。有趣的是，顺式调控因子和其对应基因的RNA表达并不同步。更有趣的是，在少数基因有具大量的顺式调控因子，远远高于平均水平。因为，该文章作者将这些特殊染色质区域定义为DORCs (Domains Of Regulatory Chromatin)。从发育上去看，DORCs和基因表达上存在着残差（residuals），染色体打开了，但是基因却还没有表达。这种增强子变化早于RNA变化的现象是lineage-priming存在的重要证据。此外，DORC也可以用于研究转录因子在发育中的变化情况，从而构建转录因子网络。最后，该文章作者开发出了一种新的计算工具，染色质潜力（chromatin potential）。该方法利用DORCs和RNA的差异来预测细胞的对于发育方向的选择。不同于以往仅依赖于RNA的预测手段，染色质潜力能够大大提前预测的时间。