[目录]哈医数据库②miRSponge、Co-LncRNA、FA

哈医数据库①Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、MSDD

• 5.miRSponge

  • miRSponge简介

  • a manually curated database for experimentally supported miRNA sponges and ceRNAs.
    miRNA的失调表达可导致破坏增殖，分化和凋亡。新出现的证据表明，miRNA本身受含有miRNA结合位点的内源性分子的调节，例如假基因，长非编码RNA和环状RNA。这些竞争性抑制剂被称为'miRNA海绵'，可以竞争性地隔离miRNA，阻止它们与其天然靶标相互作用。内源性miRNA海绵和靶标或竞争性内源性RNA（ceRNA）动态地起作用以平衡彼此的表达。这种平衡对于各种生理过程很重要，并且破坏可导致病理状态。

  • 统计学：经过实验验证的miRSponge数据库（miRSponge）记录了来自近1000篇文章的手工整理后的11个物种中的576个sponge-miRNA互作和457个ceRNA关联。海绵类包括内源性生成的分子，如编码基因、假基因、长非编码RNA和环状RNA，以及外源性引入的分子，如病毒RNA和人工工程海绵(such as viral RNAs and artificial engineered sponges)。

  • 大约70％的相互作用是在疾病状态下通过实验确定的。 每个条目包含 detailed information on sponges, miRNAs and competing targets, species, miRBase accession, HGNC and GeneCards annotation, tissue distribution, conditions for detection, corresponding literature, PMIDs, a brief description of the sponge-miRNA interaction, and the experimental method。miRSponge提供用户友好的界面，方便浏览，检索和下载。 此外，miRSponge还提供了新验证的miRNA-sponges和ceRNA关联数据的提交页面。
    总之，miRSponge数据库可以显着提高我们对不同RNA类别之间转录组通信的理解，并为miRNA研究和临床应用提供及时和有价值的资源。

    
    mirSponge

• 相关文献
  • miRSponge: a manually curated database for experimentally supported miRNA sponges and ceRNAs.

• 6.Co-LncRNA

  • Co-LncRNA简介:

  • 基于人类RNA-Seq数据，研究lncRNA在GO注释和KEGG通路中的组合效应.（investigating the lncRNA combinatorial effects in GO annotations and KEGG pathways based on human RNA-Seq data.）
    Co-LncRNA，这是一种基于Web的计算工具，allows用户识别可能受单个或多个lncRNA共表达的蛋白质编码基因（CEG）影响的GO注释和KEGG通路。目前发布的Co-LncRNA包括涉及28个人组织/细胞系的高通量RNA测序数据，包括来自241个数据集的6,560个个体（29,012个样品）。基于RNA-Seq数据集的重利用，我们分析了这些RNA-Seq数据以鉴定lncRNA CEG。值得注意的是, Co-LncRNA performs an enrichment analysis of individual/multiple lncRNA(s) CEGs to all known GO annotations and KEGG pathways in individual datset。此外，还开发了一个灵活的查询引擎，通过对多个数据集的同时分析来生成高置信度输出。此外，用户可以上传自己的数据，以分析特定背景下的lncRNA组合效应。Co-LncRNA是公开的，允许用户通过不同的搜索标准查询lncRNAs组合效应。该系统提供基于网络的应用程序，用于分析GO注释和KEGG通路中的lncRNA组合效应，这有助于通过lncRNA探索人类复杂的调节。
    

    Co-LncRNA
    网站的help部分包含了下方信息：(对网站使用进行了详细的描述)
    help.png

  • 相关文献
    Co-LncRNA: investigating the lncRNA combinatorial effects in GO annotations and KEGG pathways based on human RNA-Seq data.

• 7.FACER

  • FACER简介

  • 表观遗传染色质调节因子的综合分子和功能表征（comprehensive molecular and functional characterization of epigenetic chromatin regulators）
    FACER (Functional Atlas of Chromatin Epigenetic Regulators) FACER 提供搜索和下载640个功能CRs（33种癌症类型）的基本信息和多组学特征。
    

    FACER
    help部分也提供了详细的使用帮助。
    help

  • 相关文献

    • FACER: comprehensive molecular and functional characterization of epigenetic chromatin regulators

补充:FACER简介部分我写的内容比较少你可以访问获取更详细的FACER的描述文章解读 |FACER：表观遗传染色质调节因子的综合分子和功能表征

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