蒙古的起源说法很多，一个不可争辩的事实是，蒙古本身是成吉思汗将草原上所有少数民族统一起来的称呼，是一个硬捏起来的民族，其内部各个部落之间的风俗差异很大，需要经过几百年的磨合，才最终稳定下来，认同了蒙古人的统一称谓。
蒙古和契丹是同源的。有一种说法是，柔然灭亡之后，残部逃散，一部分北上兴安岭，就是后来蒙古的始祖，另一部分南下游牧，就是契丹的始祖。总体上，契丹对蒙古草原的控制是比较有效的，有一座可敦城作为北边的重镇。在1124年契丹被女真击败，耶律大石北逃的途中，仍然受到了漠北部落们的支援和投奔，在可敦城聚集起一支强大的力量，最终成为了西辽的根底。
而女真不能容忍契丹余部的存在，在1130年北伐可敦城，迫使耶律大石西迁。之后，金国并没有能够在蒙古草原建立有效的统治，只能在各个部落之间玩平衡来羁縻。
乞颜部是草原强盛部落之一，其首领合不勒曾经在金国的宫殿里喝醉了酒揪金太宗的胡子。后来金国扶持了乞颜部的敌人塔塔儿部落，与之作对。1170年，乞颜部的首领也速该带着8岁的儿子铁木真去弘吉剌部落求亲的途中，遭到世仇塔塔儿部落的袭击身亡。铁木真开始了天将降大任之前的苦其心志的日子。
乞颜部内部并不是铁板一块，也有一些小的支派。铁木真的父亲去世之后，乞颜部首领的位置就被泰赤乌氏夺走了，并且还派人追杀过铁木真，给他带来了不少困扰。
铁木真父亲当年见到蔑儿乞部落贵族的未婚妻诃额仑长得漂亮，就仗着乞颜部强盛抢走做了自己的妻子。后来铁木真成婚的时候，蔑儿乞人来报复，也抢走了铁木真的妻子。
铁木真没办法，拿着老婆的嫁妆去投奔了克烈部的首领王汗。王汗是金国扶持的，用来平衡塔塔儿人的势力。铁木真被收做干儿子，得到了王汗的支持，收拢的部众，开始了踏上人生巅峰的道路。
之后几十年里，他给金国当过带路党，打过塔塔儿人；也给自己报过夺妻之恨，狠揍过蔑儿乞人；消灭了干爹王汗，也打败了另一个强劲对手乃蛮部落的太阳汗。在消灭了所有的反对派之后的1206年，铁木真在斡难河边，召集了部落首领开会，进位为大汗，尊称为成吉思汗。
做了大汗，就不再是蒙古内部的小打小闹，要走上世界的舞台。成吉思汗先拿弱小的西夏练手，又拿自己的老东家金国开刀，后来又跟中亚强邻花剌子模扳手腕，最后病逝在征服西夏的道路上。
成吉思汗去世之后，三儿子窝阔台继承了汗位。
成吉思汗有四个嫡子，长子术赤出身比较可疑，是老婆从蔑儿乞人那里抢回来之后不久生的，算算日子可能是蔑儿乞人的后代。不过看在老婆的面上，成吉思汗接受了这个儿子，但是一直不喜欢他，关系很僵，最后闹到要刀兵相见，好在术赤先一步死了才作罢。
次子察合台一直认为哥哥术赤是个野种，自己才是真正的长子，所以一直鄙夷歧视术赤，和术赤关系很不好。他和三弟弟窝阔台关系很好，自己无望大汗之位，就支持窝阔台上位，后来两家的子孙也是关系较好，一直维持了上百年的联盟。
三儿子窝阔台和四儿子拖雷都是成吉思汗喜欢的儿子，也都有能力，为此成吉思汗头疼了很久，最终做出了一个后人看来很蠢的决定。汗位交给了三儿子窝阔台，但是自己的财产却交给了四儿子拖雷。当时蒙古国有12万人的精锐部队，其中十万多交给了拖雷。这让窝阔台多少有些名不副实，也恶化了两者的关系，最终拖雷暴毙，有说法就是窝阔台暗害。
不管怎么说，窝阔台成了大赢家，拖雷去世，拖雷的儿子们又太小，一时没有反对派。拖雷去世之后，家产给儿子们继承了，儿子们还小，就在拖雷老婆唆鲁禾帖尼的监护下。她后来把自己亲生的四个儿子都培养成了人才。
窝阔台在位12年，去世之后老婆乃马真后摄政长达5年。一直到1246年才召开大会推选新大汗。当时术赤的儿子拔都和窝阔台的儿子贵由关系不和，拔都拒绝出席大会，让贵由很下不来台。好在唆鲁禾帖尼让儿子蒙哥前来支持，才让贵由好看了点。此举也让蒙哥有了一个很好的亮相。
贵由继位之后，就开始西征，摆明了要拔都好看。据说唆鲁禾帖尼暗中派人统治了拔都，让拔都有了防范，贵由无机可乘，最终一年后病逝在西征的途中。
贵由去世的时候，乃马真后已经去世了，其妻子海迷失试图学婆婆摄政，结果遭到了拔都等的反对。
1248年，拔都在中亚召集宗室贵族们开会推选大汗，结果察合台系和窝阔台系的宗室们都拒绝参会。拔都在大会上宣布支持蒙哥，于是蒙哥全票当选。这个结果遭到了察合台系和窝阔台系的抵制。
1250年，回到东方的蒙哥，又在斡难河召集宗室们开会，再次遭到了抵制。最终唆鲁禾帖尼利用自己的影响力，使得最终大会得以正常召开，蒙哥正式当选新大汗。帝系从窝阔台系转移到了拖雷系。海迷失被扔进河里溺死，窝阔台的儿子也被贬为庶民流放千里。
蒙哥在攻打四川钓鱼台城的时候，中箭身亡。支持汉化改革的贵族们推选了忽必烈出任大汗，而拒绝改革的贵族们则推选出来蒙哥的幼弟阿里不哥担任大汗。双方经历了四年的大战，最终阿里不哥战败，忽必烈胜利。
无论是忽必烈还是阿里不哥都没有得到其他帝系的宗室支持，擅自称汗，所以忽必烈胜利之后，还是打算举行了一次大会来宣扬自己的合法性。他将中亚和西亚的领土分封给了弟弟旭烈兀，换取了他的支持，又将中亚的领土分封给了察合台系的阿忽鲁，换取了支持，最后成功获得了除了窝阔台系的海都之外其他三大汗国的支持。但是预定1268年的大会最终没能召开，因为旭烈兀、阿忽鲁等人在大会召开之前的一两年里相继去世。同时，窝阔台系的海都，则明确表示了野心，积极阻挠忽必烈的大会，最终钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国三方首脑在中亚开会，否定了忽必烈对于大汗直辖地的控制权以及旭烈兀后人伊尔汗国的控制权。这是公然的分裂行为，海山和忽必烈系进行了旷日持久的战争。从此四大汗国不再接受蒙古帝国中央的控制，各自独立出去。
战争断断续续的持续到元成宗时期，海都才最终被击败投降。蒙古帝国的帝系才算正式确立下来。此时，距离元朝灭亡也没剩下多少年了。
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