「bedtools 和bedops」报错解决

1.脚本调用bedtools 按照bin进行统计重复序列密度，调用bedtools merge：

bedtools报错：

报错信息显示起点是小于终点。查阅到报错行，文件没有问题。换用更高版本bedtools 报错信息不一样。

bedtools v2.19.1:
Error: malformed BED entry at line 1127892. End Coordinate detected that is < 0. Exiting.
bedtools v2.27.1:
$/share/nas2/genome/biosoft/bedtools/2.27.1/bin/bedtools merge -i  Eac.TE.region.txt.sort >out
Error: Invalid record in file Eac.TE.region.txt.sort. Record is 
Chr01   2147475659  -2147483539

bedtools报错解决方法：

研发给的bedtools报错原因：单个染色体长度大于2147483647，超过软件限制。

a12c50bfbe195d7c180504ce37eb18e.png

bedtools报错解决方法：
1.换用bedtops解决，但是bedops merge 结果是3列，bedtools 结果是6列，结果行数有差别。
2.将太长的染色体截断，减去1Gb再统计，最后的结果再加上。

2. bedops安装

cd 
wget -c https://github.com/bedops/bedops/releases/download/v2.4.40/bedops_linux_x86_64-v2.4.40.tar.bz2 
cd   /home/user/software/bedops_v2.4.40 && tar jxvf bedops_linux_x86_64-v2.4.39.tar.bz2

echo "export PATH=/home/user/software/bedops_v2.4.40/bin:$PATH" >>~/.bashrc # 永久生效

参考：
https://www.jianshu.com/p/8138f3378acc