基因注释工具GeMoMa

作者: 小明的数据分析笔记本 | 来源:发表于2022-09-07 06:50 被阅读0次

基因注释工具GeMoMa
gemoma安装与简单用法
Where are the Genes in the Genom
基因组注释详解
生信分析软件总结合集
ANNOVAR软件使用
RagTag基于参考基因组的组装和GeMoMa注释
interproscan 安装及运行错误调试
RNA-seq名词解释（7）
对peak进行功能注释的GREAT

帮助文档

http://www.jstacs.de/index.php/GeMoMa

安装可以直接使用conda

我本来想直接安装在一个已经有的环境里，提示需要python3.7以上

我就新建了一个环境

conda create -n genomeAnnotation

安装

conda activate genomeAnnotation
conda install -c bioconda gemoma

安装成功

这种安装方式使用软件的方法是

 GeMoMa GeMoMaPipeline

或者直接下载软件帮助文档界面有下载链接
用软件下载链接里的示例数据试试

java -jar GeMoMa-1.9.jar CLI GeMoMaPipeline threads=4 outdir=output GeMoMa.Score=ReAlign AnnotationFinalizer.r=NO o=true t=target.fa  a=ref.gff g=ref.fa

最终输出结果

image.png

换成我自己物种的时候最开始用的是gtf文件，不知道为啥一直报错换成gff文件就没有问题了

基因注释工具GeMoMa
帮助文档 http://www.jstacs.de/index.php/GeMoMa[http://www.jst...
gemoma安装与简单用法
gemoma是根据已知参考基因组的注释，给未知基因组注释的软件，貌似网上仅仅有提到，却没有具体的用法，笔者研究了一...
Where are the Genes in the Genom
基因组注释（Genome annotation）基因组注释是利用生物信息学方法和工具，对基因组所有基因的生物学功...
基因组注释详解
基因组注释(Genome annotation) 是利用生物信息学方法和工具，对基因组所有基因和其他结构高通量注释...
生信分析软件总结合集
持续更新中EDTA：TE 注释工具。是一个可以从头注释全基因组中的TE并且评估已有TE库注释优劣的工具包。该工具的...
ANNOVAR软件使用
ANNOVAR是一个高效的注释工具。它从不同的基因组功能注释基因变异检测(包括人类基因组hg18、hg19 、hg...
RagTag基于参考基因组的组装和GeMoMa注释
RagTag安装及使用说明书：https://www.jianshu.com/p/c18f7cac43c6[ht...
interproscan 安装及运行错误调试
interproscan interproscan 是个基因注释工具，可以一次运行实现多个数据库的注释。用户既可以...
RNA-seq名词解释（7）
（九）、分析内容相关 gene annotation：基因注释，分为基因的结构注释和基因的功能注释。 CDS pr...
对peak进行功能注释的GREAT
GREAT是一款peak区间进行基因注释的工具，除了给出peak对应的基因外，还集成了多种基因的功能分析，网址如下...