唐朝初年，李世民发动玄武门兵变，杀害太子李建成和四弟李元吉，逼迫父亲李渊退位，当上了皇帝，史称唐太宗。
但是，即位后不久的李世民逐渐心神不宁，噩梦连连，身体每况愈下，宫廷内外各路名医前来诊治，均束手无策。
与此同时，长安城内灾祸连连，火灾、雷击和暴雨事件频发，给老百姓造成的损失不可胜数，李世民为此忧心如焚，病情进一步加重。
经过袁天罡和李淳风的推算，发现这是李建成等人的阴魂在作祟。李世民一生征战沙场，杀敌无数，众多死在他剑下的亡魂这时已聚集在李建成魂魄周围，形成一股强大的黑暗势力。任由它发展下去，不仅李世民性命不保，长安和大唐朝也将覆灭，世界将陷入永恒的黑暗。
要想化解这股势力，唯有拿到女娲补天时遗留下的上古卷轴。上古卷轴藏在西方极地灵山深处的宝盒中，距离东土大唐至少有十万八千里，具体位置谁也不知道，只有宝盒的钥匙能指引到它在哪。
李世民得知这一情况后，强打精神，向天下昭告，有谁能找到钥匙、取回上古卷轴，则和他共享皇位。受利益驱使，天下人报名踊跃。但前后99支队伍出发均死于非命，途中各种艰难险阻和妖魔鬼怪让人寸步难行。
就在李世民绝望之际，一名和尚觐见，他就是陈玄奘。玄奘法师声称能拿回卷轴，不过要从天牢中带走三个死囚犯：一个武功盖世的杀人狂，一个贪婪狡诈的色情狂和一个生吃人肉的变态狂。另外，如果他成功了，李世民必须支持他成为全国宗教领袖。
李世民当然满口答应，释放了三个死囚并赦免了他们的罪。这三人的名字分别为：孙悟空、猪八戒和沙悟净。这三个人纷纷表示对玄奘感恩戴德，拜玄奘为师，并誓死追随他。
玄奘要他们三个是有原因的，他事先进行了研究，发现孙悟空的传家宝——“定海神针”其实就是上古卷轴宝盒的钥匙，且只有悟空本人会使用；猪八戒行骗无数，秘密藏起了巨额财富，可作旅行经费，另外他随机应变的能力也不可多得；沙悟净是个力士，且精通水性，可保过水路时的平安。
李世民这时病情十分严重，眼看就要一命呜呼。玄奘情急之下，召来自己在做主持时的关门弟子，时年14岁的天泽，入宫侍奉李世民。天泽为人机灵通达，尤其善于驱魔，颇得玄奘真传，有他陪伴李世民左右，可保李世民不被鬼魂袭扰。天泽到来后，李世民果然大为好转。不过，天泽其实是男扮女装，玄奘一直被蒙在鼓里，她后来改名叫武则天。
玄奘师徒上路后，遭遇了无数困难和敌人。
一是李建成等人的阴魂所幻化的妖魔鬼怪。它们嗜血成性，杀人如麻，不择手段，和它们斗，主要靠悟空等人的硬实力。
二是沿途的地方势力。这里面包括刻意刁难的地方官、虚伪奸诈的客栈店主、不明真相盲目排外的乡野山民等等，对付这些人，八戒的手段和言语就十分有用。八戒不仅得心应手，还使得他们四人左右逢源，到处收好处。
三是师徒四人的内斗。四个人原本性格迥异、来路不同，是因为任务临时拼凑在一起，所以难免出现各种矛盾，各自利益之间发生很多冲突。解决内部矛盾，最得力的是悟净，他性格内向，说话不多，但字字珠玑，说话都说到点子上，让人不由得心服口服。与此同时，他还会主动让步，容易引起别人的好感。
四是李世民派出的监视者、暗杀者。李世民并不放心这支成分复杂的队伍，所以暗中派出间谍监视。玄奘四人有所察觉，但不想和李世民起冲突，所以没发作。
后来，玄奘等人取到上古卷轴往回赶时，李世民起了杀心。李世民担心玄奘凯旋后会动摇自己的权威，决定在路上截杀他们，夺走卷轴。但是，李世民刚派出杀手，就被武则天发觉。武则天感念师恩，偷偷派人给玄奘报信，使他们躲过了一劫。
十年后，玄奘师徒四人终于克服所有困难，拿到上古卷轴，回到东土大唐，化解了李建成的诅咒。李世民不得不兑现诺言，封玄奘为国师，总领全国佛教事宜，并拨了巨款和大片田地支持佛教事业。
玄奘当上国师后，立刻让三个徒弟组建了三个机构。
悟空组建了佛教武装，号称“空组”，总部在少林寺，专门负责佛家高层的保卫及绝密武力行动，他被人称为“斗战神佛”；八戒组建了佛家商业组织，号称“能组”，总部在普陀寺，专门经营佛教资产，包括土地、房地产和周边衍生品等等，还搞存款和房贷业务，他被人称为“净坛使者”；悟净则组建了情报组织，号称“净组”，总部在五台山，负责内部监视、外部情报搜集、跟踪等业务，他被人称为“金身罗汉”。
因为有了这三个机构，玄奘的权势达到了巅峰，连李世民都要畏惧他三分。李世民死后，玄奘暗中支持武则天（这时玄奘已知天泽的性别）架空唐高宗，夺取权力，甚至自立为皇帝。武则天即位后，投桃报李，进一步支持佛教事业，导致佛教在全国泛滥。
佛教的扩张，导致了教门内部的利益分歧越来越大，空组、能组和净组之间相互拆台，冲突不断，三个创始人各立山头，玄奘也管不了。与此同时，佛教的膨胀引起了全社会不满，大规模抗议和抵制汹涌而来。武则天去世后，唐玄宗登基，他对佛教势力进行压制，取缔了那三个组织。
被取缔后，空组、能组和净组并没有灭亡，而是转入了地下，成为秘密组织，隐身在佛门之中。
不久后，玄奘师徒四人集体消失，没人知道他们去了哪里，他们留下的这个三个机构则继续运转，跨越千年，如今依然存在。
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