作者,追风少年i
时间很快,转眼就周四了,怎能因昨天的苦难而选择停留。
今天我们来分享一下关于空间转录组的轨迹分析问题。
在最开始,空间转录组分析还不是那么成熟的时候,对空间转录组的认识停留在和单细胞一样的阶段,例如选择monocle、cytoTrace等等软件把空间转录组的每个spot当作一个细胞来用,分析的结果跟单细胞如出一辙,这样的观点在最开始大为流行,甚至有的公司的空转报告就是直接拿monocle对空间数据分析结果直接展示,也有人开公开课,介绍这样的方法,还说每个spot几乎就是单独的细胞类型,分析结果如下图所示:
空间轨迹示意图 空间轨迹更有甚者把轨迹分析的空间表达值放回到二维空间平面的,但是这些面临一个很难解释的问题,那就是按照单细胞的理解,轨迹分析之间的细胞会存在分化关系,空间转录组如此的做法,难道在说明整个组织是由该组织的一部分发育而来的么??
如果是每个spot含有相同的细胞类型,那么根据marker将有分化关系的spot挑选出来,做轨迹分析也是一个相对合理的选择。
但是很不幸,大量的分析证明每个spot均是混合细胞类型,含有不同的细胞类型,前面的说法被推翻。而且免疫细胞一般具有浸润的作用,通常和组织细胞离得很近,但是免疫与组织细胞应该不可能是一起分化而来(对于成熟个体的组织切片),那么这样的做法,合理性在哪里呢??
单细胞也会有空间动力学的问题,用单细胞数据做velocyto,也可以预测细胞的发育方向,并且得到了很好的运用,很多高分文章都喜欢单细胞velocyto的分析,于是有人借鉴这个做法,在空间数据上故技重施,如下图:
空间velocyto空间velocyto
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