如何判断一个reads属于某个基因， htseq-count 提供了union, intersection_strict, intersection_nonempty 3 种模型，如图（大多数情况下作者推荐用union模型）：
基本用法：
htseq-count [options] alignment_file gff_file
-f 指定输入文件的格式，可以是 sam或 bam格式，默认是sam.
-s 是否这个数据是来自链特异性建库（默认 yes)
-a 指定一个最低 read mapping质量值，低于值会被过滤掉，默认是10
-t 指定最小计数单位类型,默认值是：exon
-i GFF文件的一类属性，最终的计数单位，默认值是：gene_id
-m 判断一个reads属于某个基因的模型，默认：union
生成count：
基因名 reads计数
ENSMUSG00000000001.4 1648
合并成数据框：
参考图片
下面就是用R包进行差异基因分析了。
如何判断一个reads属于某个基因， htseq-count 提供了union, intersection_str...
sort 按照默认参数，进行htseq-count统计reads数的时候会报错： 看了 htseq-count的参...
htseq-count计数的相关内容前面在不同的学习阶段写过两次，分别是合并htseq-count的结果得到cou...
# Because the id list get from htseq-count was exactly sa...
1. htseq-count -s no -r pos -f bam ~/rna_seq_analysis/ali...
刘小泽写于2018.8.20利用htseq-count、featureCounts等定量软件生成的counts计数...
我们用htseq-count，理论部分参见https://www.jianshu.com/p/e9742bbf83...
Author：ligc Date：19/5/15 在基因水平上，常用的软件为HTSeq-count，feature...
featureCounts的安装 在转录组进行统计基因count数的时候，Htseq-count与featureC...
本文标题：HTSeq-count原理
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/reagbftx.html
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