大乘佛法总结菩萨修行次第，从凡至圣，有五个阶位、五十二个阶次。包括十信、十住、十行、十回向、十地和等觉菩萨、妙觉菩萨。
初资量位：菩萨发起坚固菩提心，欲求无上佛道，要广植福德，积集资粮。先修四无量心、六度四摄等种种福德智能，作为成就佛果的助道资粮。包括十信、十住、十行和十回向。对能所取的烦恼现行，虽已能除，然而其种子依旧潜伏未除。
十信位：菩萨最初修十种信心，因在信位，能助成信行，故称十信心。据《菩萨璎珞本业经》所举为“信心、进心、念心、慧心、定心、戒心、回向心、护法心、舍心、愿心”。以下十住、十行、十回向，以福德智慧为助道资粮，称三贤位。
十住者，谓信心既立，能住佛地。至第十灌顶住之菩萨，具有三别相：一、度众生，谓堪能修行，成就十种智，而能度众生。二、得甚深所入之境界，哪怕法王子住菩萨亦不能测其境界。三、广学十种智，了知一切法。十行：菩萨第廿一至三十位所修之十种利他行，又称十行心。十回向：以大悲心救护一切众生。
以下是正修阶段，包括加行、通达、修习和究竟四位。菩萨由得福智资粮，加功用行而入见道（欢喜地），住真如位，称为加行位。加行就是加功用行，具备了福德资粮，进入到菩萨十回向满心，更进一步为得无漏智而加力修行，迈向菩萨十地。
第一极喜地，能达“无二我”而“有二无我”之境界，心中仍变带“如相”现前，故仍非实住之唯识境，称为大乘顺抉择分。故修加行位，通过修四寻思观与四如实智观，得暖、顶、忍、世第一法。
四寻思观：观名、义、自性、差别四法，为假有实无；四法所取之境与能取之识，皆由心之所变，假有不实。菩萨于加行位先起四寻思观，此即四善根位中之暖、顶二位所修，由此悟入依他起性。由四寻思观所引发之四种正智为四如实智。
四加行位：在暖位以修明得定，寻求思察认识之对象；在顶位修明增定，以更进一层之观智作观；在忍位修印顺定；在世第一法位修无间定，确认决定所认识之对象及能观之识皆为空无，即如实智观。
通达位：到此阶位已能体会唯识真性，通达真如，可以说见道了。一般说的分证法身菩萨，就是指这个阶位，故又称见道位。初地菩萨体会真如，智照于理，得见中道，故称通达，即证得初无漏智，并体得真如理之位。此为修行一大劫之成熟阶段，相当于初地之入心。
菩萨得见道已，为断除障，更修习根本智，此即修习位，又称修道位。菩萨初登此位，即生无漏智，并得护育一切众生，故称十圣。登初地之菩萨称为登地菩萨，初地以前菩萨称为地前菩萨。从通达位进入初地起，到十地，以无分别智断二障，依我空、法空证悟唯识理。
此一阶段经过十地，修十波罗蜜、断十重障、证十真如。《成唯识论》卷九谓：此十地依次修习施、戒、忍、精进、静虑、般若、方便善巧、愿、力、智等十波罗蜜（十胜行），依之各除异生性障、邪行障、闇钝障、微细烦恼现行障、于下乘般涅槃障、粗相现行障、细相现行障、无相中作加行障、利他门中不欲行障、于诸法中未得自在障等十重障。
各获证遍行真如、最胜真如、胜流真如、无摄受真如、类无别真如、无染净真如、法无别真如、不增减真如、智自在所依真如、业自在等所依真如。依此转烦恼、所知二障，而得菩提、涅槃之果。十地各有入、住、出三心，入而未安住时为入心，久止其位之盛时为住心，近终入次位时为出心。
初地见道欢喜，法喜充满，见真实理，遂起大欢喜心。如《显扬圣教论》云：“谓诸菩萨住此地中，先已于心增上法行，善修治故；得诸菩萨现观。由正证得无上现观故；诸大菩萨，于此地中，住增上喜。是故此地，名为极喜。”
二、离垢地，菩萨持戒清净，守护六根，能成身三口四诸德，七支清净，故名离垢地菩萨。已能成就最胜真如，远离邪行戒垢之障。如《显扬》云：“谓诸菩萨，住此地中，先善修治初地行故；证得极净妙尸罗蕴，对治一切微犯戒垢。是故此地，名为离垢。”
三、发光地，依禅定而得智慧之光，并闻、思、修三慧，使真理渐明。如《显扬》云：“谓诸菩萨住此地中，先善修治第二地故；证得极净三摩地蕴；大智光明之所依止。是故此地，名为发光。”
四、焰慧地，因修三十七道品菩提分法，以智慧力灭除一切诸障，舍离前三地之分别见解。如《显扬》云：“谓诸菩萨住此地中，先善修治第三地故；证得极净缘诸觉分能取法境微妙慧蕴，能现前烧一切烦恼。是故此地名为焰慧。”
五、难胜地，已得正智，难再超出。已得出世间智，依自在方便力，救度难救众生。如《显扬》云：“谓诸菩萨住此地中，先善修治第四地故；证得极净缘谛所知诸法微妙慧蕴，成极难成不住流转寂灭圣道。是故此地，名极难胜。”
五地菩萨，能观二谛，真、俗圆融无碍。内解因明、内明、医方明、工巧明、声明之五明。因明是论理的学问，为辩论逻辑言论之法，为瑜伽行派所重视，在陈那时得到发展。玄奘先后译出商羯罗主的《因明入正理论》和陈那的《因明正理门论》，成为唯识宗重要工具之一。
六、现前地，真如净性最胜般若，无著智现前。如《显扬》云：“谓诸菩萨住此地中，先善修治第五地故；证得极净缘智非智二种所作诸行流转止息法境微妙慧蕴，多分有相任运相续妙智现前，是故此地，名为现前。”此地菩萨，以般若慧观十二因缘，离一切染净之相，观缘起性空，得七十七种智观。
七、远行地，菩萨于此地修无相行。如《显扬》云：“谓诸菩萨住此地中，先善修治第六地故；证得极净微妙解脱解脱智见蕴，由已远入一切现行诸相解脱；是故此地，名为远行。” 菩萨至此地，又经一大阿僧祗劫。能于真俗二智作平等观，即于不加功用行，纯作真无相观，证法性色。
八、不动地，生起无相智慧，不再为烦恼所动。如《显扬》云：“谓诸菩萨住此地中，先善修治第七地故；证得极净微妙解脱解脱智见蕴，解脱一切相自在障故；得无功用任运相续道之所依止。是故此地，名为不动。”菩萨至此，能任运修无相观门，不为烦恼所动，得诸自在。
九、善慧地，菩萨以无碍力说法，完成利他行，智慧作用自在。如《显扬》云：“谓诸菩萨住此地中，先善修治第八地故；证得极净微妙解脱解脱智见蕴，解脱一切无碍辩障无过广慧之所依止，是故此地，名为善慧。”菩萨于此地得四无碍解智。
十、法云地，得大法身、具自在力。如《显扬》云：“谓诸菩萨住此地中，先善修治第九地故；证得极净微妙解脱解脱智见蕴，解脱发起大神通智障；如云法身，圆满所依。是故此地，名为法云地。”十地菩萨，法身圆满自在，以一切法智，使十方众生皆得法益。
究竟位：菩萨修至十地满心金刚无间道，断二障种，证二空理，转烦恼障得涅槃，转所知障得菩提，成就佛果，达到究竟解脱。最终实现成佛理想，转凡夫八识为佛果四智。转舍有漏之八识，得成无漏之智。最极清净，更无有上，故称究竟。
清净法界众相寂静，故名安乐；四智心品永离恼害，故名安乐。此二自性皆无逼恼，及能安乐一切有情，故二转依俱名安乐。二乘所得二转依果，唯永远离烦恼障缚，无殊胜法故，但名解脱身。大觉世尊，成就无上寂默法故，名大牟尼。此牟尼尊，所得二果，永离二障，亦名法身。
菩萨在资粮位，属信解行证。通过发菩提心，依闻思慧，修习六度四摄，广积福慧二种资粮。通过加行，入见道位，能少分伏二障现行，对二取习气种子，全未伏灭。要在见道位，才能断烦恼所知二障、分别我法执引起之二障种子。至于俱生我法执引起的二障，则要在成佛后，才得断尽。
大乘解脱有两种：一相解脱，二粗重解脱。相缚是指一般众生，对于一切缘生依他起相上，生种种我法遍计执著相；于六尘境界相上自生颠倒，心有所住，称为相缚。
菩萨行者，亲近善友，发菩提心，听闻正法，法随法行，依四加行位，修四寻思。获得四定以及四种决定如实智。若加行至极，顿然见道，入真现观，而得根本后得两种无分别智。此时分别二执已经破遣，分别二障已经断除，内心清净，寂照现前。这就是相解脱。相解脱者，解脱了前六识，尤其是第六意识的相缚。
粗重指俱生我法二执、烦恼所知二障种子。菩萨见道得相解脱时，已经断除了分别二执二障之种子，修道位中所断障缚，理应于二执二障中属于俱生而非分别了。故菩萨欲得粗重解脱者，理应于十地中成就修断，圆证真如，最终方可入金刚喻定，空异熟识，圆镜智慧及无垢净识同时现起，成就圆满的转依佛果，而获得彻底的粗重解脱。
十一地中断除二十二愚及十一粗重。从最初发心至圆满成佛，无量阿僧祗劫，皆在对治和断除二执二障现行及种子。其间根据所治的浅深，究竟或不究竟，《解深密经》譬喻为如断皮、肤、骨三种粗重。
谓初阿僧祗劫，也即修道位第八不动地前，所断粗重，名在皮粗重；犹如皮毛，显露在外，粗大易断。最后阿僧祗劫，也就是第八地至第十地，所断粗重，名在肤粗重，犹如肌肤，被皮遮覆，与前所断，较难除遣。
若断极细最极微细粗重，必在佛位，故此所断，名在骨粗重，犹如筋骨，被皮肤包裹，难见难知。这就是粗重解脱，粗重解脱者：解脱了阿赖耶识中一切执障种子的束缚。
如上两种解脱，相解脱偏于顿悟，粗重解脱偏于渐修。相解脱是观空遣相，悟无所得，故非有；粗重解脱是止恶修善，广度众生，故非空。相解脱是除遣了分别二执二障现行与种子，故解脱非究竟，粗重解脱是除遣了俱生二执二障现行与种子，故为究竟解脱。
一切佛教，不出教、理、行、果四科。以上是关于瑜伽教、理、行的部分，关于果地，阐述为“涅槃”与“菩提”两大课题。涅槃，汉译寂静、寂灭、圆寂。说有四种：自性涅槃、有余依涅槃、无余依涅槃和无住涅槃。
自性涅槃多取寂静义，三法印之“诸行无常、诸法无我、涅槃寂静”，即说明了寂静涅槃由无常、无我真理所显。
有余依涅槃：“余依”指有漏根身和器界。谓三乘圣者，依智慧力，简择诸法性相，断灭烦恼业障。虽证涅槃，但还有身体在，微苦所依未灭，故名有余依涅槃。《成唯识论》云：“有余依涅槃：谓即真如出烦恼障，虽有微苦所依未灭，而障永寂，故名涅槃”。
无余依涅槃：谓三乘圣者，依智慧力，既灭苦因，更灭苦果（色身亦灭），烦恼障尽，余依永灭，故名无余依涅槃。《成唯识论》云：“无余依涅槃：谓即真如，出生死苦，烦恼既尽，余依亦灭，众苦永寂，故名涅槃”。
如上有余依、无余依二涅槃，多依“寂灭”义立。谓智慧依寂静真如（自性涅槃）为所观境，断灭世间苦因（烦恼障及业障），故立有余依涅槃；断灭世间苦果（根身器界的报障），故立无余依涅槃。小乘证得阿罗汉果，仍未命尽，称为有余；若命终后，称为无余。
无住涅槃，又称无住大涅槃或无上大涅槃；此依“圆寂”义说，谓即真如出所知障。诸大乘人由大智大悲之力，平等运用，不住生死，不住涅槃，远离二边，见一味相，度化众生，穷未来际，寂照同时，无住而住，故名无住大涅槃。
《成唯识论》云：“无住处涅槃：谓即真如出所知障，大悲般若常所辅翼。由斯不住生死涅槃，利乐有情，穷未来际，用而常寂，故名涅槃。”
四涅槃中，自性涅槃凡圣共有；有余依、无余依二涅槃，出世三乘无学圣者皆有；无住涅槃为大乘圣者独有。自性涅槃是不二之法，是非有非空的中道实相。有余依、无余依二涅槃，是以自性涅槃为体，由断灭烦恼障、业障、报障的世间苦因、苦果，出缠所显。
所谓有余依涅槃于世间苦果非断，于苦因非不断，无余依涅槃于世间苦果非非不断。无住涅槃是正入不二法门之境界，所谓于生死涅槃作平等观，于染净诸法作平等观，亦于凡夫圣者作平等观，自度与度他作平等观，真俗圆融，不取不舍。
菩提，汉译觉悟，乃觉悟真理的圆满智慧。此有三种：谓声闻菩提、独觉菩提和如来无上大菩提。菩提不离四智：大圆镜智、平等性智、妙观察智、成所作智。
大圆镜智：由第八阿赖耶识所转得。平等性智：由第七末那识所转得。妙观察智：由第六意识所转得。成所作智：由前五识所转得。由八识，成四智，转依成佛，具足三身：法身、报身、化身。
菩提不离“佛法”，即佛所成就功德之法。此功德之法，菩萨仅能成就一分，而不圆满，惟佛方能圆满成就，故名佛法。具体而言：谓最清净圆满大菩提、大涅槃、三身、三不护、三念住、四智、四无畏、四无量心、四无碍解、四一切相清净、五眼、五种自在、六神通、八解脱、八胜处、十力、十遍处、十八不共佛法、三十二相、八十随好、无诤、愿智、大悲、无忘失法等无量功德。
如上菩提四智，除成所作智外（此智纯由后得智所成），其余大圆镜、平等性、妙观察三种，无不是以根本、后得二无分别智圆满所成。
如上菩提中的三身，他受用身及变化身，是如来大悲，为度九法界众生方便所现，令其受用广大法乐的，故不偏内。自报身是如来自已受用广大法乐的，故不偏外。离外是寂，离内是照，不内不外，寂照同时，即是悲智等运。
涅槃与菩提，涅槃是理，菩提是事。依事证理，依理显事，离事无理，离理无事。理事双彰，理事圆融，涅槃非涅槃非菩提，菩提亦非菩提非涅槃。
如上所说境、行、果三，对佛法的信、解、行、证上，或在度生的现实生活中，远离我法执著，内心清净，于法有即如实知有，于法空即如实知空，不增不减，实事求是。只有以行导境，以行得果，才能真正把握住佛法真谛，这就是三时瑜伽师的本怀了。
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