这算是笔记。。。。
vcftools --gzvcf ../chicken.477.chr1Z.indel.zk.tc.zk.zs.vcf.gz --positions specific_position.txt --recode --recode-INFO-all --out sig.indel.vcf
vcftools --gzvcf ../chicken.477.chr1Z.indel.zk.tc.zk.zs.vcf.gz --positions specific_position.txt --recode --recode-INFO-all --stdout |grep -v "#" |cut -f8 |tr "|" "\t" |cut -f5|tr "-" "\n"|sort|uniq >ensebmlID
这算是笔记。。。。 前提是总vcf文件已经用snpeff注释过了
变异注释发生在变异提取之后，获取VCF（Variant Call Format,VCF)文件后，目前从下机数据比较...
从基因注释文件提取基因信息Zea_mays.B73_RefGen_v4.42.gtf gtf格式的注释文件 提取...
测序得到VCF文件后，有时需要提取部分SNP位点，这里介绍的工具是VCFtools，安装以及基础功能见下贴：vcf...
提取染色体片段 提取文件中的某几列 根据位置提取vcf文件对应位点的信息 提取某一列数值满足条件的列 提取某些样本...
首先制作bed格式的文件包含基因组全部的外显子区域坐标如下： 从vcf文件中提取位于exon区域的变异位点
基因功能注释需要蛋白文件，有时候注释或下载的基因组没有蛋白文件，需提取并转换，据师兄师弟说gffread提取结...
SnpEff使用方法 SnpEff 软件通过基因组结构注释数据（GTF文件），对VCF文件中的SNP/InDel信...
根据id提取vcf（提取重测序数据不会有日志等啰嗦行） 根据染色体提取vcf 根据位置提取vcf（pos文件含染色...
以snpeff注释过的vcf文件为例，我需要提取每个snp注释的类型并把这些类型排序计数，然后得到每个类型的个数思...
本文标题：按位点提取vcf文件并获取注释的基因
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/rhbixrtx.html
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