使用stem进行趋势分析
安装STEM:
step1. 从STEM官网安装,需同时安装JAVA:
http://www.cs.cmu.edu/~jernst/stem/
step2. 安装后点击文件夹下的stem.cmd即可使用。
step3. 打开界面如下:
其他参数我没有修改,第一步,导入表达量数据,可以选repeat
Data,也可以先对数据处理后直接导入,处理方式是组内取中位数;第二布选择归一化方式,原始数据选择第一个归一化方式;取过对数的数据选择第二个;标准化后缺失0时间点则选择第三个,我使用的表达量是TPM,因此选择了第二个标准化方式;第三步运行。(也可以导入功能注释文件)
表达文件如下:
以制表符分隔。
step4. 运行结果如下:
图中即为不同表达趋势的聚类,可以点击Order Profiles By…自定义趋势排序(按照基因数目等):
点击感兴趣的趋势,可以查看并导出该趋势内具体基因表达趋势:
step5. 在运行之前可以导入注释文件,导入后可查看趋势内基因的功能注释。本次分析没有提前导入,拿到目标趋势基因集后手动提取GO注释,结果如下:
前几列为STEM导出的基因id和表达,后6列为该基因功能注释。
附上合并GO和表达的python代码,但想了想用R可能能够更简单的实现这一功能,参考https://www.jianshu.com/p/5bc81ac5f807:
STEM使用参考:https://www.jianshu.com/p/695588e39cfa
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