如果分离到的菌株携带有质粒，在进行菌株改造过程中，例如导入质粒，很可能由于质粒不相容而导致实验的失败。如果菌株压力条件下携带有抗生素抗性的质粒，需要将其抗性去除，就需要进行内源性质粒消除。
为了避免宿主菌中内生质粒对表达质粒的干扰，必须首先保证宿主菌株中的质粒被除去。
变温- SDS法消除其内生质粒
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将菌株接种于液体LB培养基中经37℃培养过夜；
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取50μL过夜培养菌液接种于2mL的含0.015%SDS的液体LB培养基中振荡培养18h；
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取50μL菌液接种于2ml的液体LB培养基中,43℃培养18h；
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取50μL菌液接种于2ml含0.015%SDS的液体LB培养基中,37℃培养18h；
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取50μL菌液接种于2ml的液体LB培养基中, 43℃培养18h；
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取1.5mL菌液按常规方法抽提质粒并制备0.6％琼脂糖凝胶电泳检测，若无核酸带出现则说明质粒已被消除，若质粒未被消除则以每个高温消除循环时提高0.5℃的梯度逐步提高温度至46℃继续培养消除。
文献：
G+球菌及G-杆菌质粒消除方法的研究
Bt杀虫基因Cry3A在桑粒肩天牛幼虫肠道优势菌和常驻菌的转化和表达研究
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