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学习小组Day3笔记--风云

学习小组Day3笔记--风云

作者: 风起云涌龙 | 来源:发表于2018-10-24 22:26 被阅读66次

    Linux环境下的软件安装

    软件安装之前查看阿里云服务器有没有bzip2(不知道这是啥玩意?)

    bzip2 是一个基于Burrows-Wheeler 变换的无损压缩软件,压缩效果比传统的LZ77/LZ78压缩算法来得好。它是一款免费软件。可以自由分发免费使用。它广泛存在于UNIX && LINUX的许多发行版本中。bzip2能够进行高质量的数据压缩。它利用先进的压缩技术,能够把普通的数据文件压缩10%至15%,压缩的速度和解压的效率都非常高!支持大多数压缩格式,包括tar、gzip 等等。
    -------百度百科

    在putty中输入bzip2确实报错了,但忘记截图了。
    来一张安装成功的截图吧。


    bzip2已经有了

    回去前面一步,安装bzip2,使用代码yum install -y bzip2,成功如下图。

    安装bzip2

    Linux中的应用商店

    Conda

    Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。
    Conda 是为 Python 程序创建的,适用于 Linux,OS X 和W indows,也可以打包和分发其他软件 。
    目前最流行的 Python 环境管理工具 。
    ------------百度学术

    conda是一种通用包管理系统,旨在构建和管理任何语言和任何类型的软件。举个例子:包管理与pip的使用类似,环境管理则允许用户方便地安装不同版本的python并可以快速切换。
    Anaconda则是一个打包的集合,里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等,就是把很多常用的不常用的库都给你装好了。
    Miniconda,顾名思义,它只包含最基本的内容——python与conda,以及相关的必须依赖项,对于空间要求严格的用户,Miniconda是一种选择。就只包含最基本的东西,其他的库得自己装。
    --------------------- 来源:CSDN
    原文:https://blog.csdn.net/qq_18668137/article/details/80807829

    miniconda官网
    按图中所示操作
    下一步进入biosoft目录 使用代码cd biosoft,再下一步使用代码wget 刚才复制的下载链接,成功以后使用代码bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,安装miniconda.
    运行顺利
    安装成功第一步
    简单的enter到最后,再敲入yes,证明安装成功。
    安装成功
    安装成功后还不可以使用,还需要激活,使用代码source ~/.bashrc conda
    过程
    敲入代码conda查看,成功。
    成功
    国内直接使用conda还有点困难,需要添加国外镜像,利用豆豆和花花给的代码,添加镜像。
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
    conda config --set show_channel_urls yes
    

    使用Conda

    查看Conda中的软件,使用代码conda list,

    conda list

    搜索软件,使用代码conda search fastqc,
    又忘了截图了。。。

    安装软件conda install fastqc -y

    安装软件

    卸载软件conda remove fastqc -y

    卸载软件

    到此,软件安装和卸载操作完毕。

    选修

    conda环境

    生信实战中,需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
    每一个项目都需要不同的软件,另外软件之间的结合也是需要版本要求的,比如A项目你需要用a软件V 1.0版本,但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本,怎么办?
    --别想了,办法就是分身!!按照你的项目,定制不同的分身,安装不同的软件,互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。
    --------------转自生信星球

    查看conda环境,使用代码conda info --envs,

    conda环境
    处理转录组数据,要先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(花花写的),输入代码conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y。查看一下conda环境,代码conda info --envs,激活新的conda环境,代码source activate rna-seq,(没有截图)。
    卸载一个环境中的软件,卸载某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y,全部卸载,也就是卸载这个环境conda remove -n rna-seq --al
    卸载软件 Day3

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