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2020-11-01DAY3-添添-linux环境下的软件安装

2020-11-01DAY3-添添-linux环境下的软件安装

作者: 徐添添 | 来源:发表于2020-11-01 14:48 被阅读0次

1、了解conda--“linux的应用商店”

相当于苹果的app store

2、下载conda-(精华版--miniconda)

3、安装和配置miniconda

4、使用miniconda(查看已安装的软件、搜索、安装、卸载软件)

1) 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list

2)搜索conda软件 conda search fastqc
会搜索出很多该软件的很多版本,默认安装最新版本

3)3. 安装软件 conda install fastqc -y
(-y是yes,表示安装过程中conda问你的问题全部回答yes)
(有的软件新版本bug比较多,可能需要用到老版本。如果要指定版本号,可以conda install fastqc=0.11.7 -y

4) 卸载软件 conda remove fastqc -y

5、不同的生信实战项目,需要定制conda的分身。

生信实战中,需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件,另外软件之间的结合也是需要版本要求的,比如A项目你需要用a软件V 1.0版本,但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本,怎么办?--别想了,办法就是分身!!按照你的项目,定制不同的分身,安装不同的软件,互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”

1)先查看当前conda有哪些环境
conda info --envs(前面带*的就是默认的)

2)如果要处理转录组数据了,先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

3)激活新的conda环境了
conda activate rna-seq,这时默认的*就会转移到rna-seq前面

4)退出当前环境,conda deactivate

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