16世纪，欧洲基督教自上而下的宗教改革运动，始于1517年马丁·路德提出《九十五条论纲》，到1648年《威斯特伐利亚和约》的出台为止。这场欧洲宗教改革运动，奠定了新教基础，同时也瓦解了天主教会所主导的政教体系。该运动打破了天主教的精神束缚，为西欧资本主义发展和多元化的现代社会奠定基础。
宗教改革在德国爆发，迅速波及西欧各国。在新兴资产阶级势力较强的地区，如瑞士、尼德兰、法国南部，宗教改革以群众运动方式进行，因而比较彻底。在封建势力强大的中央集权君主国家，如英格兰、北欧各国，一般是自上而下进行改革，国王取代教皇成为教会首脑，削弱教廷的地位，建立独立自主的国家教会。
西班牙自斐迪南与伊沙贝拉的联姻而统一后，逐步实现教会国家化，使西班牙教会成为当时欧洲最富独立性的天主教会。法国成为中央集权的君主国家，将教会置于君权控制之下。英国自亨利七世到亨利八世时期，以基督教国教化为开端，开始步入脱离罗马教廷的进程。欧洲各主权国家开始摆脱教皇控制。宗教改革动摇了天主教会的神权统治，改变了政教合一的局面。
宗教改革动摇了中世纪欧洲共同法的权威。政教分离，使人们开始重新审视宗教法的作用，世俗法、地方法和习惯法的地位上升，与宗教法并列。同时，自然法的理论和观念深入人心，深度影响着欧洲的法律制度。
宗教改革对欧洲的教育到宗教和政治参与都具有深远的影响。经过人文主义思想的洗礼，人们普遍确立了一个革命性的概念：在上帝的眼中，所有的基督徒都是平等的。宗教改革运动的言论自由、集会自由和选择自己宗教的自由同神圣的良心一起成为基本的自然权利。
自然法的扩展观念注入到欧洲的宗教和政治辩论中，产生了一种新的人道主义平等主义，并演变成现在所有人所有的政治权利。
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