Dgenesis可视化paf格式的比对文件

https://dgenies.toulouse.inra.fr/install

可以直接使用在线版 或者也可以本地安装

windows版直接下载安装包，安装就可以

启动软件是启动浏览器的页面

image.png

3 个输入文件

第一个是minimap2比对的paf格式问价

第二个和第三个是fasta的idx文件，可以利用脚本

https://raw.githubusercontent.com/genotoul-bioinfo/dgenies/v1.2.0/src/dgenies/bin/index.py

生成这个文件

python index.py -i input.fa -n abc -o input.idx

i 是fasta的文件路径
n 是自己随便起的
o 是输出文件的路径