phyloseq 包是一个集OTU 数据导入，存储，分析和图形可视化于一体的工具。它不但利用了 R 中许多经典的工具进行生态学和系统发育分析（例如：vegan，ade4，ape， picante），同时还结合 ggplot2 以轻松生成发表级别的可视化结果。phyloseq 使用的S4类将一个研究所有相关的测序数据及元数据存储为单个对象，从而更容易共享数据并重复结果。
GitHub 地址：https://github.com/joey711/phyloseq
http://joey711.github.io/phyloseq/import-data.html
- 一个 phyloseq 类，通常由以下几个部分组成：
- otu_table ：一个数字矩阵 matrix，包含了 OTU 在每个样本中的丰度信息；
- sample_data ：一个data.frame，包含了所有样本的表型信息，行名必须匹配otu_table 中的样本名；
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tax_table ：一个字符矩阵 matrix，包含了 OTU 的物种信息，行名必须匹配otu_table 中的 OTU 名。
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?phyloseq
?otu_table
?sample_data
?tax_table
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各功能介绍
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