刘小泽写于19.5.27
小伙伴们可能发现了，我已经好几天没有更新了，这并不符合我的习惯，只是因为，完成了一件人生中的大事——硕士答辩。准备时间很短(因为真的不想花费太多时间在上面)，但是结果还不错，顺利通过，很是开心。
今天重回学习阵营，热热身，接下来，我会将之前拉下的进程补回来！🤓
简介
利用linux的单行命令，肯定少不了sed、awk操作，这次来看看它们怎么结合正则表达式，顺便再复习下相关的知识
正则表达式简写为regex，全称是regular expression，因此以后见到这个词，就知道代表的意思了。我们为什么会用到正则表达式，是因为这个可以作为文本过滤的准则，方便进行批处理。并且它无处不在，在编程语言(Java、Perl、Python等)或者linux命令(sed、awk、grep等)都有体现。
首先举个简单的例子：现在我有这个序列，但是每个fa的命名都是中文，我不想要，只保留id就好了，看下前后对比
如果有100条序列都有括号，并且括号中是中文，那么去掉括号中的内容可以一键完成：cat test.fa| sed 's/(.*)//'
正则表达式的类型
Linux中有两种正则表达式的形式：标准版 Basic Regular Expression (BRE) 以及扩展版Extended Regular Expression (ERE) 。大多的linux基础命令支持BRE，但是ERE就是和一些编程语言搭配使用，提供了更多的匹配项，比如可以匹配数字、单词等，像awk就是典型的ERE模式，但是它和sed都可以向下兼容BRE模式
最简单的匹配
比如：
echo "Testing regex using sed" | sed -n '/regex/p'
echo "Testing regex using awk" | awk '/regex/{print $0}'
得到的结果都是这句话。这里可以看到，正则表达式并不关心匹配的字段出现的位置以及出现了多少次，从头到尾扫一遍，一行中只要有就输出。
但是，匹配也需要注意：它分字母大小写，例如:
echo "Welcome to Bioinfoplanet" | awk '/bioinfo/{print $0}' # 不返回内容
echo "Welcome to bioinfoplanet" | awk '/bioinfo/{print $0}' # 返回这句话
另外，在匹配模式中，可以加入空格、数字等等
echo "Testing regex 2 again" | awk '/regex 2/{print $0}'
特殊字符
https://www.threesl.com/blog/special-characters-regular-expressions-escape/
例如：
1. Finished\? 匹配 Finished?
2. ^http 匹配 以http开头的
3. [^0-9] 匹配 除了0-9的其他字符
# 参考：http://www.robelle.com/smugbook/regexpr.html
4. ing$ 匹配结尾 像exciting这样的，而不是ingenious这样的
5. gr.y 匹配 gray grey等等
6. Red|Yellow 匹配 Red或者Yellow
7. colou?r 匹配 colour或color
8. Ah? 匹配 A或Ah
9. Ah* 匹配 Ahhhhh或A
10. Ah+ 匹配 Ah、Ahhh，但不匹配A
11. [cbf]ar 匹配 car、bar、far
12. [a-zA-Z] 匹配 a-z全部大小写
13. {}中的数字表示前一个字符出现多少次，可以是一个数字表示精确次数，也可以是用逗号隔开的两个数字表示出现次数范围
如果要匹配特殊字符，就需要转义，也就是加\ ，例如：
# 要匹配这里的\
echo "\ is a special character" | awk '/\\/{print $0}'
看到这里说明你对正则比较感兴趣，但是有没有注意到一个问题？
上面第一张图的例子我们使用的是sed 's/(.*)//'这个命令，但是学习了特殊字符以后，发现()都是特殊字符，按说应该加转义去进行匹配的，这里没有加就可以成功，反而，加了转义符就报错。那么，是不是上面特殊字符这部分错了？
我搜索了一下，在这里找到了解答：https://stackoverflow.com/questions/6387907/whether-to-escape-and-in-regex-using-gnu-sed
原来，使用的sed还有两种版本，gnu与bsd 。但这里的规定还是比较混乱的，至于到底用不用转义：首先如果在ERE模式下，需要转义；普通模式下先不转义试试看
第一张图的例子也可以这么做：
cat test.fa| sed -r 's/\(.*\)//'
定位符
包括^(定位起点) 与 $(定位终点)
定位空行就是：/^$/，于是过滤空行就是：
awk '!/^$/{print $0}' my_file
删除注释行：
sed -e '/^#/ d' my_file
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