数量遗传-BLUP实战

作者: 牛顿大尉 | 来源:发表于2020-04-30 11:29 被阅读0次

数量遗传-BLUP实战
如何在R语言中构建动物模型混合线性模型方程并计算BLUP值
全基因组关联分析流程 ( 二 )
关于遗传参数BLUP、GBLUP以及GS的Summer Scho
数量性状遗传
11月27日数量遗传学笔记（一）简介
数量遗传的基础介绍
BLUP分析中是否包含缺失系谱信息的个体
数量遗传学9-遗传协方差
「群体遗传学实战」第三课: 如何对SNP位点进行过滤

嘿嘿嘿

image.png

1 模型：表型值=群体平均数+性别+年份+个体育种值+环境效应

2 根据系谱表写出亲缘相关矩阵A

公式参考之前写的文章

假设都是非近郊个体，公式就是简单的不同通径链的0.5的n1+n2次方相加

亲子0.5
半同胞0.25
全同胞0.5
祖代与孙代0.25

按系谱找6和7的亲缘相关系数，每条线是0.5，所以是0.125

7和9有两条路径，0.5^2+ 0.5^4

A阵 3 混合模型方程组用的是无重复值的动物模型blup

现在就是分别求出关联矩阵

Z矩阵

把h=0.4代入

然后就是解方程了，借助R语言，后面会有一节用软件wombat实现blup的，明天再整
学习数量遗传还是得从实际案例入手，需要解决什么问题再去找相关的知识，如果从各种参数一一搞懂之后再学会一下子就忘记所学参数的含义和学习这个参数的目的

数量遗传-BLUP实战
1 模型：表型值=群体平均数+性别+年份+个体育种值+环境效应 2 根据系谱表写出亲缘相关矩阵A 公式参考之前写的...
如何在R语言中构建动物模型混合线性模型方程并计算BLUP值
如何在R语言中构建动物模型混合线性模型方程并计算BLUP值数据参考书籍：王金玉, 陈国宏. 《数量遗传与动物育...
全基因组关联分析流程 ( 二 )
最佳线性无偏预测 (BLUP) BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) ，在...
关于遗传参数BLUP、GBLUP以及GS的Summer Scho
关于遗传参数BLUP、GBLUP以及GS的高阶研讨会时间：2017年7月24日-28日地点：北京会议限额：30人...
数量性状遗传
性状分类质量性状（qualitative trait）表型之间截然不同，具有质的差别，用文字描述的性状，在群体中...
11月27日数量遗传学笔记（一）简介
时间过得好快，不知不觉开始了数量遗传的学习，其实在这之前，我都没有系统的学习过数量遗传，都不知道什么是数量遗传。 ...
数量遗传的基础介绍
根据中国农大邓学梅老师的动物遗传学课程整理（此部分张浩老师主讲，慕课网）。 1 数量遗传的历史大致分为三个阶段：...
BLUP分析中是否包含缺失系谱信息的个体
View topic - Format of pedigree data in BLUP-analysis | F...
数量遗传学9-遗传协方差
The coefficients presented allow computing the expected r...
「群体遗传学实战」第三课: 如何对SNP位点进行过滤
往期教程「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释「群体遗传学实战」第二课: 画出和文章几乎一样的PCA...