到了宋代，宰相的权利又再降低。宋代也有三省，但门下、尚书二省搬出皇宫，唯留中书省在皇宫内，单独发布命令，所以只有中书省的长官才称得上是宰相。唐代一品、二品只授以元老之臣，三省长官既宰相均为三品。宋代，丞相是正一品，枢密院枢密使、开府仪同三司是从一品，与宰相并列为宰执之臣。
可宋代中书省与枢密院“两府并立”，枢密院专管军事。如汉代一样，宋代宰相管不了军事。不仅如此，宋代宰相还管不了财政。宋代将原属于尚书六部下的户部司、盐铁司、度支司地位提高，独立掌管全国财政，长官称“开府仪同三司”。而且，宋代宰相还管不了人事，宋代设有“考课院”，这样原属尚书吏部的用人之权，又不在宰相了。
这样，到了宋代，不但唐代的宰相制度被破坏，连尚书省作为行政总机关的制度也被破坏。
任何一项制度的产生，一定有它的时代背景。宋太祖原为“殿前都检点”，只是一个皇帝的侍卫长，“黄袍加身”当了皇帝。五代时期，皇帝如同走马灯经常换，宰相却相对稳当的多。不倒宰相冯道，历仕后唐、后晋、后汉、后周四朝，先后效力十位皇帝，可见皇帝的体统尊严反不如宰相。估计宋太祖有一种自卑感的心理，也从稳固皇权出发，便蓄意减夺宰相职权。
宋代的第一任宰相赵普，又刻意维护皇帝的尊严。唐代君臣相见，宰相还有座位，到了宋代，赵普自谦避让不坐。这样皇帝的尊严是慢慢地抬起来了，可后来的人，却看不到这背后演变的原本意义，只记得皇帝尊严和宰相卑微了。
可惜后代的皇帝，再也没有一个像唐太宗那样，能够拨乱反正，君权与相权的平衡被破坏得也越来越严重了。但我们也不能据此说，中国历史只有独裁和专制。
宋初遇某官出缺，宋太祖叫赵普拟名。赵普提了一个宋太祖平时讨厌的人，宋太宗很生气，将赵普的折子给撕了，扔在地上。赵普捡起来，用浆糊黏好。宋太祖再问时，赵普再将这折子递上。宋太祖问，为何还是此人。赵普答，没有更合适的人选。宋太祖就同意了。
赵普之所以这样做，并不是他有多么的杰出，也不是他具有儒家的气节，纯属于当时的社会习气，做一个宰相就应该做这样的事。
汉代宰相管着御史大夫，御史大夫管着谏官，谏官主要是谏讽皇帝的言行。到了唐代，谏官隶于门下省，仍是宰相的唇舌，只去纠正皇帝的错误。到了宋代，这一制度也变了，谏官独立出门下省，又是由皇帝任命，连宰相举荐都不允许，这样谏官的矛头不再对着皇帝，而转向宰相。谏官以言为职，说的不对没有责任，不说话就是失职。时间一久，只要宰相说东，谏官偏要说西，形如水火，等于无形中养了一班只发空论不负实责的反对政府人员。宋代的许多宰相受谏官掣肘，最后不得不辞职不干。范仲淹、王安石改革失败，与谏官掣肘不无关系。
好在宋代的皇帝少暴虐、专擅之人，但权利大了，不免爱私发命令，下下手条，当时称作“御札”。有人就乘机利用“御札”揽权干坏事，这样权相奸臣就开始冒头了。到了南宋宁宗时，动不动下“御札”，激起了群臣愤慨，说“事不出中书，是为乱政”，被认为是亡国之兆。
大体而言，两宋在制度上比较起汉唐虽然君重相轻，但宋代的君还像一个君，相也还像一个相。
自元迄明，中书省还是正式的宰相。到了明太祖洪武十三年，因宰相胡惟庸谋反案，从此废了宰相制。这样唐代的三省制，到了明代中书、门下两省皆废，只余尚书六部。六部长官直接听命于皇帝，一切大权都集中到皇帝身上，中国政治开始步入专制独裁时期。
但皇帝的精力毕竟有限，一个人管不了那么多事，因此在皇宫设立内阁，皇帝的秘书就叫内阁大学士。内阁大学士权力较重，但品级不高，只有五品。后来，六部中的一部分尚书，慢慢就兼内阁大学士。
明朝时，皇帝一天要上朝三次，还要看无数的奏章，这是多么厌烦的事。明太祖当过和尚讨过饭，有精力去做独裁的皇帝。明成祖从北京打到南京篡夺了皇位，也算亲手打天下，也有精力亲躬事务。再下去的儿孙们，生于深宫、长于深宫，偷懒成性，把政权交给内阁，内阁的权力慢慢重起来。
可明朝皇帝与内阁日常又不见面，双方沟通交流要通过太监，这样太监就开始弄权了。有的皇帝还不上朝，不问政事。明万历皇帝做了几十年皇帝，有二十几年没上朝，当时传说他抽鸦片，这也很有可能。这样，所有的实权都落在太监的手里。太监的领䄂称司礼监，逐步坐大成了真宰相，甚至是真皇帝。
这一切不能怪朱元璋儿孙不争气，要怪应怪他定下的制度不好。明代太监干预政事，比任何朝代都利害，这应该是朱元璋始料不及的。
明朝内阁大学士张居正，要施展自己的抱负，也只能与太监相联合，才能揽到实权。从法理上来讲，张居正不是宰相，问政揽权是违反了明朝大本大法的，他在自己的辞职奏章中也说“所理者皇上之事，所代者皇上之言”，可在当时更无一道正式命令叫他代理皇帝，当时清议也把他当权臣而论。当然，放在汉、唐、宋等朝代，张居正绝对是一位好宰相。
清代的制度承袭明代，总体上缺乏改革的动力和举措。到雍正朝时，在内阁之外添设一“军机处”，也就是所谓的“南书房”。军机处本来只负责军事命令，后来清朝皇帝只在南书房议事，国家重要政令都从南书房发出，军机处就取代了内阁。
清代比明代更独裁，“寄信上谕”是清代特有的，由军机处直接寄给受命令的人，其他人不能看。比如，有关财政问题的，送给福建巡抚，连户部尚书也不能看。这样的政治命令，只能说是皇帝独裁的法术。
清代的皇帝总体上还算勤政，可是没有好的制度，更无好的政策，最终难逃衰败的命运。带着一个国家走向衰败，明、清两朝制度难辞其咎。晚清时期，曾试图变革，实行君主立宪制，最终还是失败了。这样一个缺乏改革的朝代，剩下的只有被推翻这一条路了。
现在有人把明清走向衰败归罪于儒家思想，更确切地说是理学思想，这未免有点牵强，试问春秋战国时期的不断战火，难道是学术百家争鸣引起的。
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