circos绘图，基因密度及GC含量的计算

Circos是一种基因组可视化工具，可以用来绘制基因密度和GC含量的图。

Fig1 c、e

计算基因密度可以通过统计基因的数量来实现。可以使用基因注释数据库（如Ensembl、NCBI等）中提供的基因注释文件，通过解析文件获取基因的位置信息，然后统计基因的数量。

计算GC含量可以通过统计DNA序列中G和C的数量来实现。可以使用基因组序列文件（如FASTA格式）中的DNA序列，通过解析序列文件，统计G和C的数量，然后计算GC含量。

计算每条染色体长度

samtools faidx IRGSP-1.0_genome.fasta 

.fai

滑窗

bedtools makewindows -g IRGSP-1.0_genome.fasta.fai -w 1000000 >1M```

计算每个滑窗内基因的数量

grep -w "gene" Oryza_sativa.IRGSP-1.0.48.gff3 |awk '{print $1"\t"$4"\t"$5}'|uniq > gene.pos

计算基因密度

bedtools intersect -a 1M -b gene.pos -c >gene.density

gene.desity

计算GC含量

seqkit sliding -s 1000000 -W 1000000 IRGSP-1.0_genome.fasta |seqkit fx2tab -n -g >gc

gc含量