IGV 导入本地基因组及注释文件

IGV 软件有 自带的基因组文件和注释文件 ，使用自带的还是方便一些。但是，其使用的注释文件和基因组文件可能与我们数据分析时的不一致，这时候我们可视化 bigwig 文件或者 bam 文件时可能就有问题了。其次， 基因组更新是比较慢 的，但是 注释文件更新的很快 ，越来越多的新基因被鉴定出来，添加到注释文件里，注释文件就会有越来越多的新版本。推荐使用对应基因组版本的最新注释文件，这样得到的信息会更全一些。

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转录组入门4-参考基因组、注释文件下载及IGV - 知乎 (zhihu.com)

有时候用自己下载的 GTF 文件去定量后，在 IGV 里却找不到这个基因，这就是注释文件差异的问题。IGV 使用的注释文件好像时 UCSC 数据库的，所以载入自己的 GTF 文件才会准确一点。

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一：下载基因组和注释文件

注释文件gtf/gff都可以

下载之后解压

二：导入到igv

（1）igv里面直接对参考基因组进行构建索引

 IGV 工具栏，tools-Run igvtools；选择index

（2）igv里面给注释文件排序，构建索引

也可以不自己排序构建，即省略这一步(此步错误，一定要排序）

IGV 工具栏，tools-Run igvtools；选择sort；输入注释文件；生成sort；

接着，IGV 工具栏，tools-Run igvtools；选择index；输入刚刚的sort文件；生成index；

三：导入文件

 IGV 里导入基因组文件和排序好的 GTF 文件 （也可以是下载好的原始注释文件，igv会自己构建索引），一定要先导入基因组文件！ ！！

（1）参考基因组

IGV 工具栏，Genomes → load genome from

或者Genomes → Create genome File ：

（2）gff/gtf注释文件

File → Load from File→找到注释文件即可（该步错误）

或者刚刚建立好索引的sort文件（不知道是不是gff的原因，导入该文件后显示如下图1，所以我直接输入了未经排序构建索引的注释文件，如图2）

图1 图2

这样做的好处是：

我们可以准确的查看比对后的结果文件，以及比对后转换的各种其他格式文件

这样做的不足是：

没有办法直接根据基因名进行搜索，没有直接用IGV自带的基因组文件方便

四：导出基因名和位置信息

如果我们使用 IGV 自带的注释文件，我们是可以根据基因名进行搜索的，但是加载自己的注释文件则不可以，只能根据位置进行查找，所以做一个含有基因名和位置信息的文件方便我们查找：

查看有多少个基因：

$ less -S Mus_musculus.GRCm39.104.sorted.gtf | grep -w "gene" |wc -l55416

查看有多少个基因：

$ less -S Mus_musculus.GRCm39.104.sorted.gtf \  | grep -w "gene" \  |awk '{print "chr"$1"\t"$4"\t"$5"\t"$14}' \  |sed 's/["|;]//g' \  > gene.info.xls

结果：

我们直接在 excel 里搜到感兴趣基因，然后复制前 3 列到 IGV 里直接查找回车就行了：

另一种办法：其实不同数据库的基因组版本基本是一样的，我们关注的主要是注释文件的差异，所以我们 默认使用 IGV 软件自带的基因组和注释文件 ，然后导入自己的 GTF 注释文件就行了：

先加载igv自带，然后File → Load from File→sort文件