美文网首页ggplot集锦
两列互作变量对应,转换成1/0矩阵

两列互作变量对应,转换成1/0矩阵

作者: kkkkkkang | 来源:发表于2020-06-12 09:10 被阅读0次

    问题:已知A含有的蛋白和B含有的蛋白之间的互作关系(通过excel表的两列体现),把它们转换成1/0的数值矩阵

    互作关系
    1/0数值互作矩阵

    手动在excel中转换自然可行,但多了你就会炸

    • 很明显互作关系是一个长数据的形式,而目标矩阵是宽数据的形式,这时reshape2包的dcast()函数就很有灵性了~
    setwd("C:/Users/yjk/Desktop")
    interact <- read.table("a.txt",header = T)
    library(reshape2)
    inter_width <- dcast(interact,Host ~ Effector)
    #因为存在没有对应上的关系,所以出现了NA,直接把NA换成0
    inter_width[is.na(inter_width)] <- 0
    

    好,就是这么简单

    相关文章

      网友评论

        本文标题:两列互作变量对应,转换成1/0矩阵

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/sgowtktx.html