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两列互作变量对应,转换成1/0矩阵

两列互作变量对应,转换成1/0矩阵

作者: kkkkkkang | 来源:发表于2020-06-12 09:10 被阅读0次

问题:已知A含有的蛋白和B含有的蛋白之间的互作关系(通过excel表的两列体现),把它们转换成1/0的数值矩阵

互作关系
1/0数值互作矩阵

手动在excel中转换自然可行,但多了你就会炸

  • 很明显互作关系是一个长数据的形式,而目标矩阵是宽数据的形式,这时reshape2包的dcast()函数就很有灵性了~
setwd("C:/Users/yjk/Desktop")
interact <- read.table("a.txt",header = T)
library(reshape2)
inter_width <- dcast(interact,Host ~ Effector)
#因为存在没有对应上的关系,所以出现了NA,直接把NA换成0
inter_width[is.na(inter_width)] <- 0

好,就是这么简单

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