刘小泽写于19.12.29
今天看到一位朋友的一个R包安装了很多遍，总是显示某个路径写不进去。但是他的其他R包都是可以顺利安装的，如果要坚持安装好这个包，怎么办？另外如果在线安装总是报错，怎么办？
另外，其中会包含其他的R语言小技巧
问题
以hugene10sttranscriptcluster.db为例，可以看到现在是没有这个包的
正常情况下，直接使用BiocManager::install("hugene10sttranscriptcluster.db")方法去安装，一般没有问题。
但是如果报错信息提示：
# installation path not writeable, unable to update packages: ...
也就是某个路径写入不进去（Windows电脑此问题居多）
来看一下我们包的默认安装路径：
.libPaths()
# 比如我的是：
"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library"
【附】如果想修改默认的R包安装路径，可以看 R小技巧-R包的多版本控制
# 先看看当前有什么路径
.libPaths()
# 然后加入新路径
myPaths <- .libPaths()
# 例如新路径是：~/R/3.6.0/library
new <- c('~/R/3.6.0/library')
myPaths <- c(myPaths, new)
.libPaths(myPaths)
再用命令行看看我们现在有没有这个包
find /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library -name "hugene*.db"
可以看到，只有hugene20sttranscriptcluster.db ，而没有hugene10sttranscriptcluster.db
如何解决这个问题？
-
如果之前使用了原始方法安装过，那么先把这个安装包删掉，完全从头开始：
remove.packages("hugene10sttranscriptcluster.db") -
如果之前没有装过，也可以直接从这里开始，即本地安装
第一步 去Bioconductor下载tar.gz安装包
还是以这个包为例：
http://bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/hugene10sttranscriptcluster.db.html
把这个包放在一个绝对能够读取的路径，比如：下载、桌面等等
第二步 一句话本地安装
比如我将这个安装包放在了~/Download👇下面
install.packages("/home/Downloads/hugene10sttranscriptcluster.db_8.7.0.tar.gz",repos = NULL, type="source")
-
注意点一「加了两个参数」
repos = NULL, type="source" -
注意点二「路径的写法」
mac / linux 的路径是：/home/d1/hugene10sttranscriptcluster.db_8.7.0.tar.gz；windows的路径是：
C:\\hugene10sttranscriptcluster.db_8.7.0.tar.gz
最后，再用命令行看一下
安装完后，安装包可以保存也可以删掉了
如果安装还错...
安装这个hugene10sttranscriptcluster.db 依然出现了报错。最开始我的直觉让我关注：Error，但是它列出来的AnnotationDbi是安装过的，也能加载。
那么只能继续看报错了，极容易忽视的问题就出在：vctrs ，我以为是一个动态链接库（DLL），但实际上人家是一个R包，安装一下这个R包，问题也就迎刃而解。
附加
如何查看某个包的依赖包？
可以使用gtools （https://www.rdocumentation.org/packages/gtools/versions/3.5.0/topics/getDependencies）
install.packages("gtools")
library(gtools)
> getDependencies("hugene10sttranscriptcluster.db")
[1] "magrittr" "assertthat" "backports" "ellipsis" "glue"
[6] "zeallot" "bit" "prettyunits" "rlang" "vctrs"
[11] "digest" "bit64" "blob" "memoise" "pkgconfig"
[16] "Rcpp" "BH" "plogr" "BiocGenerics" "Biobase"
[21] "IRanges" "DBI" "RSQLite" "S4Vectors" "AnnotationDbi"
[26] "org.Hs.eg.db"
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