1 cufflinks：Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找
2 seqtk: 序列处理工具
3 SOAPdenovo2:基因组组装工具
4 samtools：格式文件操作软件（二代测序测序分析必备）
5 bedtools: Bedtools是一款可以对genomicfeatures进行比较、相关操作和注释的工具，目前版本已经有三十多个工具／命令用以实现各种不同的功能，可以针对bed、vcf、gff等格式的文件进行处理。
6 bioperl：Bioperl现在已发展成为一个令人瞩目的国际性的自由软件开发计划，bioperl在生物信息学的使用加速了生物信息学、基因组学以及其他生命科学研究的发展。最近bioperl 1.0版本正式发布，这其间历时七年，成绩斐然。Bioperl 1.0 包括832个文件，93个Script，功能丰富，源码全部开放。它是生物信息学研究的利器。详细的内容大家可以访问www.bioperl.org。
http://www.dxy.cn/bbs/thread/739196#739196
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