一、技术背景介绍
Visium FFPE 空间基因表达解决方案突破过去从 FFPE（福尔马林固定石蜡包埋）组织中获取空间基因表达信息的障碍，能对整张组织切片进行分析，从 FFPE 样本中以高灵敏度和高特异性分析相关基因的表达，在形态学背景下实现真正的探索发现。充分利用数量巨大的 FFPE 样品资源，挖掘更多无限的科学研究机会。
二、服务流程
（一）FFPE 组织块质控
1.目前已完成测试的样本如下，物种为人和鼠，可接受类型不限于此表：
2.样本质控标准
样本质控标准主要包括两个方面：组织形态学检测和 RNA 完整性检测
（1）普通 H&E 染色，观察组织形态是否完整；
（2）提取 RNA，2100检测 RNA 完整性。
3.质控案例
（1）组织形态---H&E 染色 (5um)，组织形态良好
（2）RNA完整性---DV200>=50%，示例如下:
DV200=61%
DV200=51%
Tips：合适的组织处理和制备操作可以保证组织切片的形态质量和mRNA转录本的完整性，保持组织粘附性和高质量的RNA对于数据结果至关重要。
(二)组织粘附性实验
在 visium FFPE空间基因表达工作流程中，组织固定、包埋以及组织类型、切片和贴片都会影响组织的粘附性，Visium组织测试玻片可以进行粘附性测试，组织粘附性测试包括将每个组织块的四张切片贴在测试载玻片上，并进行脱蜡和H&E染色，流程如下：
粘附性测试有助于评估FFPE组织切片的脱片风险，评估参考如下图所示：
完全脱片
大范围脱片
小范围脱片
无脱片
（三）文库构建
将人或鼠全转录组探针panel添加到组织中，探针panel是针对每个目标基因设计的一对特异性探针。这些探针对与目标基因靶向杂交，然后探针对 再相互连接，通过RNase处理和透化，连接产物可以从组织中释放出来，连接的探针对与捕获区上的空间条形码寡核苷酸链结合。在特定spot被引物捕获的探针具有相同的空间条形码，最后构建文库并测序，将空间条形码与组织切片图像相关联，绘制空间基因表达图谱。
（四）生信分析
通过以下流程进行生物信息分析，使用10X官方发布软件Space Ranger将基因表达信息与组织切片的位置信息结合，直观地展示细胞分群和细胞亚群在组织切片上的空间分布以及差异基因的空间分布。
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